lncRNA技术专题
 

      GeneChip Human Transcriptome Array 2.0(HTA2.0)芯片是新一代全转录组芯片,该芯片设计了近700万条探针,可以检测超过28万条全长转录本,包括超过24万条编码转录本和超过4万条非编码转录本。Affymetrix开发的TAC软件为HTA2.0芯片提供超强的数据分析支持,包括基因水平分析、外显子水平分析和可变剪切水平分析。


lncRNA研究案例

       第二军医大学医学免疫学国家重点实验室的研究小组最近发现lncRNA在干细胞分化过程中新的调控机制:直接与蛋白质结合并影响其生物活性。该研究小组近期发表在Science的文章描述了lncRNA-DC能与STAT3蛋白质直接结合,促进其磷酸化,并且能阻止磷酸酶对其去磷酸化,进而影响干细胞的分化。之前关于lncRNA的研究主要关注lncRNA在DNA和RNA层面上的调控作用,这一研究结果又一次扩大了lncRNA的调控研究范围。该研究使用HTA2.0芯片用于lncRNA发现筛选,芯片实验和数据分析由上海其明信息技术有限公司提供服务。

        除了得到这个全新的结论外,论文还描述了研究lncRNA的经典研究思路。首先通过高通量检测手段检测各样本中的转录本的表达丰度,筛选出差异表达的lncRNA和mRNA。再通过生物信息学分析方法筛选出与实验因素相关的lncRNA。最后通过具体的生化实验对假说进行验证。

参考文献:Pin Wang et al. Science 344, 310 (2014)


可变剪切研究案例

        HTA2.0芯片独特的可变剪切探针设计,为该芯片提供了以前只有通过RNA-Seq才能完成的可变剪切水平研究能力。《Cancer Discovery》发表的研究成果表明,HTA 2.0与RNA-seq相比,能够获得更多的选择性拼接信息,而且全部通过了RT-PCR这一黄金标准的验证。

        Simon J. Furney等使用芯片等多种工具寻找葡萄膜黑色素瘤(uveal melanoma)的致病基因。在DNA水平,作者新发现SF3B1基因的突变和葡萄膜黑色素瘤相关。SF3B1编码Splicer factor 3b的一个亚基,这是剪接体的一个重要组分。剪接体的功能是将前体mRNA剪接成成熟的mRNA,而    Splicer factor 3b的功能正是让前体mRNA锚定于剪接体上。   

      为了发现SF3B1突变对葡萄膜黑色素瘤的影响,研究人员将3个SF3B1突变肿瘤与3个SF3B1野生型肿瘤。通过HTA 2.0芯片在SF3B1突变和正常的肿瘤中检测,分别比较基因表达差异及选择性拼接差异。在表达水平上发现了325个基因发生了变化,其中46个上调基因,279个下调基因,后续的GO分析和KEGG分析没有发现显著相关的基因功能和信号通路。剪接水平分析到130个基因,其中至少包含一个差异调控的外显子和剪接模式。结合RNA-seq的数据,他们发现,SF3B1的突变与蛋白编码基因ABCC5和UQCC及长链非编码RNA CRNDE的选择性剪接相关。这些基因涉及到可变末端外显子使用、内含子保留和隐蔽剪接于是对外显子拼接水平分析,因此SF3B1突变后,明显影响到了8个重要疾病相关基因的RNA拼接方式,最终导致形成不同的转录本和功能。因此,对于SF3B1突变和不突变的病人,其预后效果完全不同,这对于疾病的治疗有重要意义。

参考文献:Simon J. Furney et al. Cancer Discovery 3(10):1122-9 (2013)


基因表达差异化研究案例

      《PLoS One》的一份于结肠癌相关的展示了HTA2.0芯片在基因表达差异化研究中的应用。  文章在结肠癌细胞中评估EGFR, CD133, CD24, CD44(包括Isoforms)等推测的癌症干细胞分子标志物的表达水平,及其与辐射敏感度的关系,并进一步分析了AKT(蛋白激酶)Isoforms对这些分子标志物的影响。

       研究发现CD133/CD44高表达的结肠癌细胞与AKT相关联,并且会增加辐射抵抗;文章还指出不同的AKT Isoform对癌症干细胞marker的表达有不同的影响,这可能会在针对一种蛋白激酶临床设置时形成一个重要的考量。 HTA2.0为本研究提供了AKT Isoform敲除细胞与原代细胞之间的基因差异表达研究。通过生物信息学的分析可以进一步了解这些基因的功能以及所参与的信号通路,为后续验证带来提供基础。


基因表达分析的完整解决方案


相关资料下载

HTA2.0
DataSheet -HTA2.0 
TAC Software
Data Sheet  -TAC Software
Flyer -HTA 2.0


公司介绍

    Affymetrix是基因芯片技术的先驱和基因组学研究领域的领导者,致力于研发并提供能够在细胞、蛋白和基因水平对生物系统进行多重和平行分析的创新技术,同时致力于促进研究成果的转化,创造更美好的生活。

    以改善人类健康为目的,我们的临床转化解决方案使科学家和临床医生能够将其研究成果更快地转化为对发病机制的理解,为个性化医疗鉴定生物标记,建立新颖的分子诊断方法,并在农业领域促进基因标记辅助育种技术的发展。我们的客户遍布于生物学各个领域,包括生物制药、临床诊断、农业育种、食品安全和消费品行业,同时还包括科研院所、政府实验室和其他非盈利性研究机构等。我们在世界范围内拥有超过1100名员工,业务遍及全球。



Affymetrix China/昂飞申科贸易(上海)有限公司 
中国上海淮海中路381号中环广场701室  200020
Email: Sales_China@affymetrix.com   网站:www.affymetrix.com

本网页由Affymetrix China委托 生物通 设计制作