单细胞测序是指通过对单个细胞不同组学层面,如基因组、转录组及表观基因组等进行高通量测序,获得单细胞分辨率的数据信息,进而进行细胞身份鉴定、新细胞类型发现、时序分析等的测序技术。单细胞测序可以解决用多细胞样本测序无法解决的细胞异质性难题,为解析细胞群体中单个细胞的行为、机制及其与机体的关系等提供了新方法。
       为此,华大学院特开设《单细胞组学实用技术分析培训班》,将华大宝贵的前沿技术经验分享给各位同仁。本期讲师团队长期从事单细胞测序数据分析,在组学领域积累很丰富的项目经验。

课程说明:自备电脑,推荐使用Mac或linux操作系统的笔记本电脑!CPU 2G以上,内存4G以上,电脑请自备连接有线网络的端口。

【培训目标】

帮助学员学习掌握:

  • 多组学科学研究思路、项目设计方法
  • 单细胞转录组测序的基础分析以及高级数据分析
  • 多组学整合分析
【培训优势】
  • 一流的讲师——丰富的科研经验、重大项目执行经验
  • 全面的课程——技术原理、分析流程&技术应用相互结合
  • 全新的方法——使用开源的软件&分析流程,更方便、快捷
  • 面对面解决问题——与信息分析、数据挖掘达人面对面探讨项目中的瓶颈问题
【课程内容】

日期 时间 课程 内容 形式
/ / 预习资料 《新一代测序技术原理》-112mins 视频自学
《Linux 操作系统基础 》-40mins
第一天 9:00-12:00 科研项目设计 1. 单细胞组学技术发展历程和原理介绍 理论
2. 单细胞组学技术在科研中的应用:
    设计思路和案例介绍
3. 单细胞组学和多组学整合分析思路
    和案例介绍
14:00-15:30 精准医疗之
蛋白质组-转录组整合分析
蛋白质组-代谢组整合分析
1. 热点、流程介绍、案例解析 理论
2. 文章作图
15:45-18:00 单细胞建库原理与操作 1. 样本获取和保存 理论
2. 单细胞实验处理、建库、测序
3. 获取单细胞表达矩阵(RNA-seq 流程)
第二天 9:00-12:00 R安装、
数据处理分析与绘图
1. R语言简介及安装,RStudio的安装
    及使用说明
理论+实操
2. R语言语法介绍及常用命令
14:00-18:00 3. 数据处理功能及统计应用
4. R语言画图实操及ggplot2介绍、实操
第三天 9:00-18:00 单细胞
转录组绘图和结果解读
1. 聚类分析 理论+实操
2. marker gene等高级分析
3. 时序分析
第四天 09:00-12:00 多组学整合分析和结果解读 1. 转录组,基因组,表观分析介绍 理论+实操
2. RNA and ATAC-seq等多组学整合分析
14:00 深圳国家基因库 集合乘车前往深圳大鹏国家基因库 参观考察
15:00-16:30 统一参观深圳大鹏国家基因库
16:45 集合乘车返程
【注】 :深圳市华大基因学院保留对以上课程信息(包括主题、课程安排和其他细节等)进行调整的权利,具体课程信息以实际上课为准。

【培训对象】

从事单细胞研究(如利用单细胞组学技术进行癌症,发育,疾病机制研究)的科研工作者和高校师生

【讲师团队】

注:排名不分先后,按姓氏首字母排序;

刘石平,遗传学博士
2015年毕业于华南理工大学。自2009年加入华大研究院,从事单细胞基因组学、群体遗传学、比较基因组学等生物信息研究工作8年多。
参与众多国际重大的基因组学重大科研项目,如大熊猫基因组、北极熊群体基因组、G10K、癌症单细胞计划、Human Cell Atlas等。曾获中国青少年科技创新奖,深圳市高层次人才,深圳市盐田区生物产业高层次人才(优秀人才)。
目前主要研究单细胞多组学、脑科学等前沿领域。近五年已发表SCI论文14篇,其中Cell, Nature, Science (CNS)7篇,以第一作者或并列第一作者发表论文5篇。

以下展示部分发表文章:
1. Zhao Z, Goldin L, Liu S, Wu L, Zhou W, Lou H, et al. Evolution of multiple cell clones over a 29-year period of a CLL patient. Nat Commun. 2016;7: 13765. doi:10.1038/ncomms13765.
2. Liu, S., Lorenzen, E. D., Fumagalli, M., Li, B., Harris, K., Xiong, Z., … Wang, J. (2014). Population genomics reveal recent speciation and rapid evolutionary adaptation in polar bears. Cell, 157, 785–794. doi:10.1016/j.cell.2014.03.054. 
3. Jex, A. R., Liu, S., Li, B., Young, N. D., Hall, R. S., Li, Y., … Gasser, R. B. (2011). Ascaris suum draft genome. Nature. doi:10.1038/nature10553.
4. Young, N. D., Jex, A. R., Li, B., Liu, S., Yang, L., Xiong, Z., … Gasser, R. B. (2012). Whole-genome sequence of Schistosoma haematobium. Nature Genetics. doi:10.1038/ng.1065.

刘龙奇,细胞生物学博士,
2015年毕业于中国科学院。现任华大生命科学研究院单细胞组学实验室负责人。同时担任西北大学兼职教授,郑州大学兼职副教授,华大基因学院高级讲师。曾获中科院院长奖学金,深圳市高层次人才,深圳市盐田区“梧桐人才”。
目前主要负责高通量单细胞多组学测序新技术和产品研发工作,在细胞命运转变,表观遗传学,基因表达调控,单细胞多组学整合分析等方面具有丰富的经验。
近5年来以第一或通讯作者在Cell Stem Cell, Nature Materials, Nature Communications等杂志上发表论文或评论多篇。

以下展示部分发表文章:
1. Liu L, Xu Y, He M, Zhang M, …, Esteban MA. (2014). Transcriptional pause release is a rate-limiting step for somatic cell reprogramming. Cell Stem Cell 15, 574-588.
2. Xu Y, Liu L#, Laslett AL, Esteban MA#. (2013). Cell reprogramming: Into the groove. Nature Materials 12, 1082-1084. 
3. Liu L, Liu C, … Xun Xu. (2018) Deconvolution of Single-cell multi-omics layers reveals regulatory heterogeneity. Nature Communications.10 (1): 470.
4. Liu L, Leng L,… Ge L. (2018). An integrated chromatin accessibility and transcriptome landscape of human pre-implantation embryos. Nature Communications. 10 (1): 364.

戚达,计算机科学博士,华大基因蛋白质方向资深课程顾问,蛋白质组学研究专家。2008年获得威尔士大学计算机科学博士学位。2011年在英国利物浦大学开始从事蛋白质组学信息分析研究,主要参与欧盟第七框架计划资助的ProteomeXchange项目,作为HUPO-PSI工作组的成员,制定蛋白质组学标准数据格式,包括定量蛋白质组标准mzQuantML,代谢组标准mzTab等格式的制定,开发与Pride数据库相关的软件。2016年负责英国生物技术和生物科学研究理事会(BBSRC)牛顿基金资助的英国-中国-泰国-菲律宾-越南可持续水稻计划项目,开发生物信息分析流程,利用蛋白基因组学方法,提高水稻基因注释的可靠性以及发现新的未知基因。2017年加入华大基因,担任蛋白质生物信息平台负责人。主攻基于质谱的蛋白质组学,代谢组学数据标准化建设,大数据深度挖掘,智能生物信息分析系统开发。截至当前,在国际著名学术期刊发表文章10余篇,开发商业化软件ProteoLabels的原型。具有丰富的生物信息分析经验和项目经验,教学举一反三。

以下展示部分发表文章:
1. Z. Ren, D. Qi, N. Pugh, K. Li, B. Wen, R. Zhou, S. Xu, S. Liu, A. R. Jones, Improvements to the rice genome annotation through large-scale analysis of RNA-Seq and proteomics datasets, Molecular and Cellular Proteomics, November 2018, mcp.RA118.000832; https://doi.org/10.1074/mcp.RA118.000832.
2. D. Qi, C. Lawless, J. Teleman, F. Levander, S. W. Holman, S. Hubbard, A. R. Jones, The representation of selected-reaction monitoring data in the mzQuantML data standard, Proteomics, 2015, 15(15): 2592-96. doi:10.1002/pmic.201400281.
3. D. Qi, R. Krishna, A. R. Jones. The jmzQuantML programming interface and validator for the mzQuantML data standard, Proteomics, 2014, 14(6): 685-8. doi:10.1002/pmic.201300281.

夏军,华大智造项目经理,主要负责胚胎植入前检测以及单细胞测序方向产品的研发。
先后负责孕妇外周血胎儿有核红细胞分离应用,胚胎植入前遗传传学筛查试剂盒开发、胚胎植入前胚胎单基因病和染色体异常一体化检测技术开发与stLFR建库试剂盒开发等项目。
已发表SCI文章3篇,申请专利4项。在胚胎植入前检测和单细胞建库测序方向有丰富的经验。

【注册费】

注册费:5000元/人

注:
1、费用含包括学费、资料费、实操练习费、其他材料费及餐费;
2、培训期间可协助安排住宿,住宿费用自理;

【优惠政策】
1. 华大业务合作伙伴/培训班老学员,可享9.5折优惠,即:4750元/人;
2. 转发分享此文至朋友圈并带上【报名参加】的评论,可享9折优惠,即:4500元/人;
3. 5人及以上团体报名参加本期培训,可享8折优惠,即:4000元/人;
注:以上三项优惠不能同时使用,最终优惠解释权归华大学院所有!

报名方式
长按识别二维码,填写报名信息,提交并支付,即可报名成功。

【注意事项】
1. 报到通知
报名成功者,将会在5月9号18:00之前收到会务组的邮件报到通知。
为方便大家报名,可提前下载本期培训的《会议通知》或《培训通知》用于申请经费,点击链接,即可下载。

会议&培训通知
提取码: nk3f
2. 支付方式
可通过微信/支付宝/银行汇款三种方式支付培训费。
若您选择银行汇款请在5月9日18:00前转账汇款,逾期不保留名额。
*** 汇款信息 *** (国内)
人民币:XX 元(请根据个人报名情况进行相应金额的汇款)
开 户 行:中国工商银行深圳保税区支行
开户名称: 深圳市华大基因学院
账 号:4000 0255 0920 0144 415
汇款时请务必标明“病原班+姓名”
成功汇款后将您的汇款凭证扫描或拍照后发到邮箱training@service.genomics.cn

3. 发票
2019年5月9日18:00前付款可在培训期间获取发票。
请务必准确填写报名表单的发票信息,因个人填写信息错误导致发票有误,不予重开!发票信息建议提前与贵单位财务部门确认。

4. 结业证书
完成培训的学员,将获得由深圳市华大基因学院颁发结业证书。

5. 退费
如您已经成功付款但临时有事不能参加本次培训,可联系主办方撤销席位全额退费;如在开课前3个工作日内(含3个工作日)要求撤销席位则退还80%的费用。

【联系方式】

时间:周一至周五  9:00-12:00,14:00-18:00
电话:0755-36352044  韩老师 桂老师
邮箱:training@service.genomics.cn


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