超级增强子的鉴定,依据的是增强子转录活性标记分子结合水平强度的差异,这些分子包括辅因子(如Mediator和cohesion)、组蛋白修饰标记(如H3K27ac和H3K4me1)、染色质修饰分子(如p300)等。在鉴定过程中,首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因组上的富集情况,确定活性增强子位点。之后再对所有活性增强子进行分析,鉴定得到超级增强子。通过与转录组测序数据进行关联分析,可发现超级增强子所调控的靶基因。
• 技术原理
图1. 超级增强子鉴定服务流程
• 技术应用 1. 发现致病驱动基因 2. 分析疾病关联变异位点易感性 3. 开发基于超级增强子复杂性疾病的精准诊断和药物开发 |
• 样品分组 1. 常规要求至少2组样品,包括对照组和实验组 2. 样本数建议:3 VS 3 |
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• 技术优势 1. 发现疾病相关重要的超级增强子 2. 分析内容全面、准确 3. 关联转录组数据,获得超级增强子所调控的靶基因 |
• 测序方案 测序平台:Illumina HiSeq X10/Hiseq 4000 测序模式:PE 150 测序数据量:12G clean data |
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• 送样要求 样本类型: 1. 甲醛交联的细胞样本,细胞数量≥ 1×107 2. 组织样本需评估 样本物种:仅限人、大小鼠,其他物种需评估 |
• 主要分析内容 1. TE 与 SE 鉴定分析 2. TE 与 SE ChIP-seq 峰图对比 3. TE 与 SE 信号富集图绘制 4. TE 与 SE 差异(长度与数目)分析 5. SE 调控靶基因 GO、KEGG 分析 6. SE 结合转录因子预测(motif) |
• 超级增强子研究策略
图2. 超级增强子研究策略
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