超级增强子的鉴定,依据的是增强子转录活性标记分子结合水平强度的差异,这些分子包括辅因子(如Mediator和cohesion)、组蛋白修饰标记(如H3K27ac和H3K4me1)、染色质修饰分子(如p300)等。在鉴定过程中,首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因组上的富集情况,确定活性增强子位点。之后再对所有活性增强子进行分析,鉴定得到超级增强子。通过与转录组测序数据进行关联分析,可发现超级增强子所调控的靶基因。

• 技术原理


图1. 超级增强子鉴定服务流程


• 技术应用 
1. 发现致病驱动基因

2. 分析疾病关联变异位点易感性

3. 开发基于超级增强子复杂性疾病的精准诊断和药物开发
  • 样品分组 
1. 常规要求至少2组样品,包括对照组和实验组 
2. 样本数建议:3 VS 3

• 技术优势 
1. 发现疾病相关重要的超级增强子

2. 分析内容全面、准确

3. 关联转录组数据,获得超级增强子所调控的靶基因
 
• 测序方案
 
测序平台:Illumina HiSeq X10/Hiseq 4000
测序模式:PE 150

测序数据量:12G clean data

• 送样要求 

样本类型:
1. 甲醛交联的细胞样本,细胞数量≥ 1×107 
2. 组织样本需评估 
样本物种:仅限人、大小鼠,其他物种需评估 
 
• 主要分析内容 

1. TE 与 SE 鉴定分析

2. TE 与 SE ChIP-seq 峰图对比

3. TE 与 SE 信号富集图绘制

4. TE 与 SE 差异(长度与数目)分析 
5. SE 调控靶基因 GO、KEGG 分析 
6. SE 结合转录因子预测(motif)

• 超级增强子研究策略


图2. 超级增强子研究策略


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