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活动细则
活动时间：即日起至2019年3月31日
活动内容：ATAC-seq服务项目，每送测4个样本，即可免收其中1个样本的服务费用
送样要求
样本类型：活细胞样本，5万个细胞每样本
?样本物种：仅限人、大小鼠，其他物种需评估
◆ 为什么要研究开放的染色质？
染色质开放性是指真核生物染色质DNA和转录因子等蛋白能否结合的开放程度，这一特性反映了染色质转录活跃程度，结合其他DNA修饰（如甲基化）信息，特定条件下的染色质开放性变化可以提供大量的基因表达调控信息，为各种蛋白结合新位点的发现指明方向。还可分析初生组织和细胞（如胰岛β细胞）、临床患者样本，基于染色质开放性特征对患者和样品进行分类。
◆ ATAC-seq：高效、高敏感度、完整的“调控组学”分析
ATAC-seq (Assay of Transposase Accessible Chromatin with High-throughput sequencing)，即染色质开放性检测，利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。2013年，美国斯坦福大学William Greenleaf教授报道了其研发的ATAC-seq，利用DNA转座酶取代传统研究开放染色质区域使用的DNA酶，准确率与传统方法一致，且重复性更高，只需少量细胞/组织，就能完成高质量的测序，是目前研究染色质开放性的最优策略。
◆ 技术应用
对于未知表观遗传是否在细胞系统的应答发挥作用的情况，或者不清楚哪种组蛋白修饰、转录因子是最重要的，或者细胞数量很少的情况前提下，ATAC-seq是比ChIP-seq更适合的一种研究技术。
1. 初步判断所研究的课题是否涉及表观遗传调控机制；
2. 结合基序分析，识别参与基因调控的转录因子；
3. 识别转录因子调控的靶基因和功能元件；
4. 超级增强子鉴定联合分析，明确活性超级增强子的范围；
5. 通过开放的染色质图谱，可以更好地了解药物或疾病的基因调控和细胞应答机制；识别驱动细胞命运、疾病或应答相关的
转录因子。
◆ 技术优势
1. 灵敏性高，低细胞起始量，每个样本50000个细胞即可；
2. 实验步骤简化，实验重复性好，成功率高；
3. 能同时揭示开放染色质的基因组位置，DNA结合蛋白，转录结合位点的相互作用。
4. 建立严格文库质控体系确保染色质开放区域的富集，保证数据质量。
实测数据
图1 ENCODE ATAC-seq数据与表观生物实测数据峰图比较 |
第一行sample A571及第二行sample A572来自于ENCODE数据（ENCDO000AAZ）[1]；第三行sample A及第四行sample B为本公司实测数据。样品均为A549细胞。
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图2 A549细胞ATAC-seq Reads在TSS上的分布图
A图为ENCODE数据TSS分布图，B图为本公司实测数据TSS分布图。 |
以上数据对比显示，本公司优化的Epi™ ATAC-seq实验技术可明显降低数据背景，获得染色质开放区域更高信号强度，并且在TSS区域显示更加明显的富集效果。
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