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◎ 3-10分的文献思路介绍

【蛋白质组学】技术介绍

蛋白质组学技术于1996年由澳大利亚学者Wilkins等最早提出。蛋白质组(Proteome)一词源于蛋白质(protein)与 基因组(genome)两个词的组合,意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”,即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。


【蛋白质组学】优于【转录组学】技术?

① 技术创新性较高:蛋白质组学技术起步相对晚,仍处在技术红利期中

② 不一样的研究视角:从DNA、mRNA到蛋白质,存在三个层次的调控,即转录水平调控,翻译水平调控,翻译后水平调控。即使是相同的实验设计,我们也可以换一种科研技术来进行补充研究,阐明在生理或病理条件下的变化情况。转录水平调控并不能全面代表蛋白质表达水平。实验也证明,组织中mRNA丰度与蛋白质丰度的相关性并不好。蛋白质复杂的翻译后修饰、蛋白质的亚细胞定位或迁移、蛋白质-蛋白质相互作用等则几乎无法从mRNA水平来判断。所以蛋白质水平研究有其独特的科研意义。

③ 药物直接作用的靶点:蛋白质是生理功能的执行者,是生命现象的直接体现者,是药物作用的靶点。蛋白质组学的研究,有助于筛选到真正的驱动基因和潜在药物作用靶点。


实验设计建议

(1)方案一 — 蛋白质组学+差异蛋白表达量验证
该思路是目前3~5分期刊中最常见的,也是最基础的一种研究思路。这类思路简单、实验难度相对低、以组学数据为主要实验结果,甚至不涉及常规的基础实验,具有“短、平、快”的特点。建议实验设计如下所示:

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方案二 — 蛋白质组学+差异蛋白功能验证

该思路是对方案一进行了延伸。较前一种研究思路增加了对目标差异蛋白基因进行功能研究的实验,即通过对目标蛋白基因的敲减或过表达,在细胞水平或/和动物水平检测目标基因操作后产生的功能表型变化,以此明确目标蛋白基因的功能。建议实验设计如下所示:

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方案三 — 目标基因A的机制研究方案
虽然【A基因通过调控B机制在C疾病中发挥D功能】不能解释所有的科学问题,但却是最常见、最容易被理解的一种底层科研逻辑,因此想要设计个相对更完整的实验方案,不妨顺着ABCD着手,后续根据实验情况再做补充和完善。建议实验设计如下所示:

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