犹记得2016年底，安诺Hi-C技术被评为生命科学十大创新产品，备受关注。转眼一年已过，Hi-C还火吗？来来来，老司机带你聊一聊Hi-C的这一年~

▋ SCI当家，“质”“量”齐飞

都说文献是检验技术影响力的必备标准，咱们先来看看Hi-C技术在过去的一年里都留下了多少“华丽篇章”。截至12月31日，Pubmed检索结果显示，2017年Hi-C相关文献共发表185篇，较上一年的102篇增加了81.4%，成为近5年来文章数量增速最快的一年。其中10分以上文章39%，CNS文章 12篇！！！ 质量与数量齐飞，小编默默的献上膝盖，低调的牛掰才是实力派。

 
2012-2017年Hi-C文献发表量
 
2017年Hi-C文献影响因子（IF）分布

▋ 引用排行，花落谁家

TOP 1 ：3D structures of individual mammalian genomes studied by single-cell Hi-C（单细胞Hi-C测定哺乳动物个体基因组的三维结构）

引用次数：14    影响因子：40.137   期刊：Nature    发表时间：2017.04

运用单细胞Hi-C 技术，研究者研究了全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，通过对染色质内全部DNA相互作用模式进行捕获，获得高分辨率的染色质三维结构信息，向人们展示了小鼠胚胎干细胞细胞核内由完整的20条染色体构成小鼠的基因组3D结构，每个细胞基因组都倾向于把最活跃的DNA区域放置在核内部，与那些不怎么活跃的关系到核纤层的DNA从空间上分隔开来。这是科学家们首次在单细胞水平上复原哺乳动物细胞完整基因组3D结构图。

TOP 2 ：Massively multiplex single-cell Hi-C （单细胞indexed Hi-C技术）

引用次数：13  影响因子：25,062  期刊：Nature Methods  发表时间：2017.03

Ramani等人使用Shendure团队的组合细胞标记（combinatorial cellular indexing）方法来分析染色体构象，他们的单细胞indexed Hi-C（sciHi-C）工作流程通过固定、限制酶消化、连接和富集（junction enrichment）来捕获染色体结构，同时可保持细胞核完整，并且核内的DNA在整个split-pool过程中与酶及adaptors可接触。Ramani等人报告了857个数据集，每个数据集包含超过10,000 个contacts，揭示了多个层面的异质性，结果数据既清晰又丰富。

TOP 3：Single-nucleus Hi-C reveals unique chromatin reorganization at oocyte-to-zygote transition （单细胞核Hi-C揭示卵子-合子转变过程中独特的染色质重组）

引用次数：11  影响因子：40.137  期刊：Nature  发表时间：2017.04

受精完成后，父源和母源染色质需要在受精卵中进行空间排布重组。该研究使用单细胞Hi-C技术，实现了对小鼠卵子-合子转变过程中染色质空间重组过程的观测，发现这一重组过程十分独特，并且此过程中父源和母源染色质的重组方式不同。

TOP 4：Chrom3D: three-dimensional genome modeling from Hi-C and nuclear lamin-genome contacts（Chrom3D三维基因组建模）

引用次数：7  影响因子：11.908  期刊：Genome Biology  发表日期：2017.01

Jonas Paulsen等人报道了全基因组3D建模技术，该技术整合Hi-C和核纤层蛋白结构域(LAD)数据集，可检测到单细胞中TADs的径向分布，并且发现了核纤层蛋白基因突变的患者细胞中LAD的特异性空间特征。

TOP 5：3D Chromatin Structures of Mature Gametes and Structural Reprogramming during Mammalian Embryogenesis（哺乳动物成熟精子和卵子的染色体3D结构以及在早期胚胎发育过程中染色体结构的重编程变化）

引用次数：4   影响因子：30.41  期刊：Cell   发表时间：2017.07

北京基因组研究所刘江研究员和上海科技大学黄行许研究员揭示了哺乳动物成熟精子和卵子的染色体3D结构以及在早期胚胎发育过程中染色体结构的重编程变化，为深入了解哺乳动物如何从受精卵发育成一个多功能个体打下了重要基础。

研究发现，成熟的卵子没有拓扑结构域，而在精子中普遍存在超远程染色体的相互作用。受精卵和2细胞时期胚胎中染色体高级结构几乎不存在，随着发育的进行，染色体高级结构逐渐建立起来。并且染色体高级结构的建立不依赖于受精卵基因组转录的激活、而是依赖于基因组的复制。除此之外，本研究还首次发现染色体的高级结构与DNA甲基化的关联，并且发现早期发育的DNA去甲基化也与染色体的高级结构相关。

 

TOP 6：Allelic reprogramming of 3D chromatin architecture during early mammalian development（哺乳动物染色体三维结构在着床前胚胎发育过程中的动态重编程过程）

引用次数：4   影响因子：40.137  期刊：Nature  发表时间：2017.06

清华大学颉伟老师团队发现染色体的三维结构在受精后首先呈现出一种极其松散的状态，并在随后的胚胎早期发育过程中逐步地以亲本特异的方式建立和成熟。精子保留了经典的染色体高级结构包括拓扑结构域（TADs）和区室结构（compartment）相反卵子（MII oocyte）染色体呈现出一种均一性结构，并且缺乏TADs和compartment。
在受精后，染色体的三维结构迅速呈现为一种极其松散的状态，而且，不同于普通细胞，在早期胚胎发育过程中染色体三维结构的建立非常缓慢。此外，研究人员通过分别对来源于父本和母本的两套基因组进行研究发现，在胚胎发育早期尽管原核已经融合，两套亲本基因组在空间上仍然是保持部分分离状态。另外，在受精卵中二者的染色体区室结构（compartment）显著不同。这种亲本基因组在空间上的分离和染色体区室结构（compartment）的差异直到8细胞阶段仍然存在。

▋ 中国声音，响彻世界

说到Hi-C 的这一年，不得不提一下中国声音在全球学术界的影响力。2017年国内Hi-C文献产出19篇（安诺基因傲娇的贡献1篇“聚焦 | 安诺合作的植物Hi-C文章见刊了~”），累计影响因子197.98！CNS文章2篇！厉害的是，清华大学颉伟老师和北京大学李程老师竟然梅开二度，简直让小编膜拜的不要不要的~

这里奉上国产Hi-C文献列表（IF>5），以飨各位~

注：橙色背景文章为安诺合作发表。

安诺Hi-C专注三维基因组学研究，2018我们已经准备好加速奔跑！！

• 研究领域：动物、植物、微生物
• 技术类型：标准Hi-C、Hi-C建库测序及小数据评估、1kb Hi-C、捕获Hi-C
• 分析全面：与RNA-seq、ChIP-seq、GWAS、WGS等多组学关联分析
• 文库经验：800+
• 物种经验：100+
• 在线项目：200+
• 文献产出：累计影响因子73.236

参考文献：

[1]Stevens TJ, Lando D, Basu S, et al. 3D structures of individual mammalian genomes studied by single-cell Hi-C. Nature. 2017,544(7648): 59-64. 
[2]Ramani V, Deng X, Qiu R, et al. Massively multiplex single-cell Hi-C. Nature Methods. 2017,14(3):263-266.
[3]Flyamer IM, Gassler J, Imakaev M, et al. Single-nucleus Hi-C reveals unique chromatin reorganization at oocyte-to-zygote transition. Nature. 2017,544(7648): 110-114.
[4]Jonas P, Monika S, Anja RO, et al. Chrom3D: three-dimensional genome modeling from Hi-C and nuclear lamin-genome contacts. Genome Biology. 2017, 18:21.
[5]Ke Y, Xu Y, Chen X, et al. D Chromatin Structures of Mature Gametes and Structural Reprogramming during Mammalian 
Embryogenesis. Cell. 2017,170(2):367-381.
[6]Du Z, Zheng H, Huang B, et al. Allelic reprogramming of 3D chromatin architecture during early mammalian development. 
Nature. 2017,547(7662): 232-235.