SuperArray 基因芯片产品技术特点

基因芯片检测技术是当今科学界研究基因表达水平最为强有力的工具之一。然而常规高通量基因芯片的设备昂贵，操作复杂，并且结果难以分析，大大限制了基因芯片技术在生命科学研究领域的广泛应用。美国SuperArray公司的科学家针对这一难题设计了上百种具有高度针对性的功能分类基因芯片。产品在设计中凝聚了生命科学各个研究领域的最新成果，对某一生物学通路或某一病理过程相关的基因进行了有目的筛选与分类，从而避免了高通量基因芯片因数据过多而难以分析的缺点。另外，SuperArray 基因芯片是采用了尖端的非接触式印迹技术制备而成的cDNA基因芯片。该产品使用特异性引物用于探针标记，化学发光作为检测手段，探针标记与杂交及检测试剂均经过充分优化，从而具有灵敏度高、准确可靠，和重复性佳的优点。近几年来，科学家们使用SuperArray基因芯片在国外刊物发表了大量的研究论文，该产品的优越性在国际科学界已得到广泛的认可。康成生物为全国总代理，并提供基因芯片全面技术服务。

更准确 - 与RT-PCR实验结果更一致 ，特异性引物 消除背景噪音及假阳性，检测传统方法易遗漏低丰度信号

图1：AmpoLabeling-LPR探测到被传统探针合成方法遗漏而RT-PCR法可发现的一些信号。

使用人通用参考RNA (3ug，BD Bioscienses)，分别用MMLV逆转录酶合成法以及AmpoLabeling-LPR法（30个循环）合成生物素标记探针。探针分别和GEArray™ Q系列人TGFβ/BMP信号通路芯片(GEArray™ Q Series Human TGFβ/BMP Signaling Pathway Kit, HS-023N)杂交，使用化学发光法检测杂交信号，所有步骤都严格按照操作手册进行。图中显示的结果为传统方法制备探针杂交芯片（左）和AmpoLabeling-LPR方法杂交芯片（中）。以圈标记的信号点用RT-PCR进行进一步分析。右图显示RT－PCR产物的琼脂糖凝胶电泳结果，β-actin作为内参。

图2: 与传统方法制备探针杂交芯片得到的基因表达变化结果相比，AmpoLabeling-LPR法得到的基因表达相对变化结果与RT-PCR 得到的结果更一致。

小鼠肝脏或小鼠胸腺总RNA(分别为7和5 ug, BD BIosciences)分别用30个循环的LPR和MMLV逆转录酶法合成生物素标记的探针，继而与GEArray™ Q系列小鼠胰岛素信号通路芯片(GEArray™ Q Series Mouse Insulin Signaling Pathway Kit, MM-030N)杂交，化学发光法显色。同时所有信号用RT-PCR法进行分析。图中A显示GEArray™芯片结果和相对的基因RT-PCR产物电泳条带。B为每个基因的肝脏和胸腺中表达量比值作图，RT-PCR法得到比值结果为纵坐标，传统标记法得到比值结果为横坐标作图。 C为RT-PCR法得到比值为纵坐标，AmpoLabeling-LPR法得到的比值为横坐标作图。两图皆为双对数图。结果显示AmpoLabeling-LPR法制备探针检测到的基因表达结果和RT-PCR法得到的结果更吻合。

　更灵敏 - 仅需0.1μg RNA，最低可检测mRNA量为10拷贝每细胞 （采用106细胞）

图3：AmpoLabeling-LPR法的灵敏度和动态范围

基因Acox1（菱形）、Bcl2l（方形）、Fbp1（三角形）和Ucp2（圆形）体外转录RNA混合物，按不同浓度（终浓度为0.01、0.1和1nM）分别与3ug小鼠通用参考RNA（BD Biosciences）混合，并使用AmpoLabeling-LPR法（L-03，30循环）合成生物素标记的探针。探针分别与GEArray™ Q系列小鼠胰岛素信号通路基因芯片(GEArray™ Q Series Mouse Insulin Signaling Pathway Kit, MM-030N)杂交，化学发光法检测信号。所有操作严格按照GEArray Q和S系列实验手册的步骤进行。四种基因的去背景后信号强度值与加入的RNA拷贝数作图。结果显示AmpoLabeling-LPR可以检测到最低每细胞10拷贝的RNA表达量


　重复性佳 - 偏差降至最低

图4：AmpoLabeling-LPR结果的可重复性

两次用3.0ug人通用参考RNA（BD Biosciences）进行AmpoLabeling-LPR法（L-03，30循环）探针合成反应。合成的生物素标记探针分别与两张GEArray™ Q系列人内皮细胞生物学基因芯片（GEArray™ Q Series Human Endothelial Cell Biology Gene Array Kit, HS-036N-2）杂交，按照GEArray Q和S系列实验手册的步骤进行化学发光法检测信号。每个芯片的信号强度值均已校准，用分别来自两个芯片的相同基因信号强度对数值为纵、横坐标作点，所有点可拟合为一条直线。直线的斜率和相关系数都接近1，说明AmpoLabeling-LPR法结果可重复。

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