疾病基因数据分析与解读研习班

高校及相关科研单位:

       近年来,随着高通量测序技术的迅猛发展,转录组研究从以前的微阵列技术,SAGE及MPSS技术的低通量模式切换至RNA-seq的高通量模式。以RNA-Seq测序技术为基础的转录组测序作为高通量测序时代核心技术之一,已在生物科学及医学领域前沿研究中获得广泛应用。RNA-Seq可进行全基因组水平的基因表达差异研究,具有定量更准确、可重复性更高、检测范围更广、分析更可靠等特点,真核生物的基因表达调控,癌症等疾病的发生机制和新治疗方案确定,遗传育种等众多方面的研究具有不可估量的潜力。

       长链非编码RNA(LncRNAs)是一类长度超过200nt的非编码RNA分子,其表达水平相对于蛋白编码基因较低,但它们在X染色体沉默、基因组印迹、染色体修饰、转录激活、转录干扰以及核内运输等方面具有重要的功能,广泛参与细胞周期调控、生长发育、胚胎干细胞分化等多种生物学过程。近些年lncRNA的研究进展迅猛,许多动植物以及人类疾病的相关研究课题都离不开lncRNA的影子,其中基于NGS的的转录组分析技术在lncRNA的信息挖掘中起到了非常重要的作用。

       由浙江大学历经16年的“基因组科学研习班”品牌项目原班人马联合浙江大学多位科研一线领军人才倾情推出“转录组数据分析及R语言作图专题研习班”(第一期)已于今年3月在杭顺利举办,课程通过理论授课与上机实践相结合的方式,每人一台PC机,紧随大屏幕演示“跟我学”操作,课程培训效果较好,获得参训学员一致好评。

培训内容:转录组测序技术前沿与课题设计、转录组测序数据分析基础、lncRNA测序数据分析及流程、Linux操作系统基础、R语言基础及绘图等。
培训时间:2018年1月11日至14日(11日为报到日,12日起上课)。
培训对象转录调控及R语言作图感兴趣的科研工作者、教师或研究生。
培训地点:浙江大学圆正文景酒店(杭州市凯旋路431号)。

注册方式:

① 培训费:3300元/人(仅包含注册费、资料费、上机实践费)。培训期间食宿自理,会务组可帮助预定。
② 缴费方式(指定账号)
账户名称:浙江大学
账户号(开户行):1202022309014406768(工行杭州市艮山支行)
汇款用途处写明:姓名+上机号(由会务组在回执确认函中提供)
③ 会务组联系方式:
代成林 0571-88206579(固) 18757558672(移)   daichenglin@zju.edu.cn
余志扬 0571-88206579(固) 15257133716(移)   yuzhiyang@zju.edu.cn
填写报名表并于报到前发送至genetrain@zju.edu.cn,上机实践由会务组提供机位,无需自带电脑。如有其它要求,请在备注中说明。
④ 非汇款学员可现场刷卡(含公务卡)或现金交纳

《转录调控数据分析及R语言作图》培训日程安排表

 

 

   

报告人

1月11日(2018年)

   

杭州 浙江大学圆正文景酒店(凯旋路431号)总台报到

12日
(周五)

08:30~11:30

转录组测序技术前沿与课题设计

  • RNA-seq基本概况和技术发展简介
  • 高通量转录组技术流程及技术细节
  • 转录组学技术应用案例分析

刘鹏渊  教授

13:30~16:30

Linux操作基础

  • Linux系统下的常用命令
  • shell脚本的编写
  • linux环境下软件的安装使用

丛培宽 副研究员

13日
(周六)

08:30~11:30

R语言操作基础

  • R语言概述
  • R语言基础及统计学分析
  • R语言初级绘图

潘林林 副研究员

13:30~16:30

R语言绘图

  • 绘图函数和绘图参数的介绍
  • 表达量热力图的绘制
  • ggplot2绘图

王  琳 博士

14日
(周日)

08:30~11:30

转录组数据分析实践(一)

  • 转录组数据准备和软件介绍
  • 转录组数据的比对
  • 表达量估计和分析

徐建红 教授
刘  振 博士

13:30~16:30

转录组数据分析实践(二)

  • lncRNA的发展与应用
  • lncRNA测序数据分析
  • lncRNA测序分析流程与应用

郑冠涛 博士

课表仅供参考,课程以报到当天发放课表为准。

培训班主要师资简介

刘鹏渊  
浙江大学转化医学研究院,浙江大学医学院附属邵逸夫医院教授、博士生导师,国家第二批青年千人计划入选者。长期从事癌症遗传和基因组学、统计遗传学和生物信息学的研究。已在癌症遗传学、人类疾病遗传学、统计遗传学和生物信息学领域发表了76篇包括Nature Genetics,PloS Medicine,American Journal of Human Genetics和Cancer Research等SCI论文,第一、二作者SCI论文38篇,最高论文影响因子F=32.7(NatureGenetics),共被SCI刊物引用1300多次。2010年获教育部自然科学奖一等奖。

徐建红
浙江大学农业与生物技术学院教授、博士生导师,主要研究方向是作物基因组学与分子遗传育种,利用比较基因组学、生物信息学、进化生物学、分子生物学和转基因等方法和手段研究: 1.基因的表达与调控; 2.转座子转座机理; 3.作物基因组进化; 4.表观遗传学。研究内容已在PNAS、 Genome Research、PLoS Genetics、Molecular Biology and Evolution等高影响因子SCI杂志上发表。

丛培宽
杭州本因生物科技有限公司高级合伙人,浙江大学病理学与疾病生理学博士,浙江加州国际纳米技术研究院特聘副研究员,长期从事人类疾病全基因组和全外显子测序技术与数据分析工作,创建人类基因变异数据库LOVD的中国节点,在各种遗传病基因检测和诊断,遗传变异解读,遗传咨询等方面拥有丰富的经验。研究内容在Human mutation,Nature Genetics,Gene等SCI杂志发表。

潘林林 
杭州本因生物科技有限公司高级合伙人,浙江加州国际纳米技术研究院特聘副研究员,长期从事转录组测序与分析,宏基因组测序数据分析及微生物多样性测序数据与分析工作。拥有丰富的转录组学实验设计及数据分析经验。研究内容在Nature Communications、Genomics等SCI杂志发表。

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