转录组技术服务之表达谱芯片 | 转录组技术服务之文库构建 | 转录组技术服务之深度测序

一、转录组技术服务之表达谱芯片
      生物芯片技术服务是欧易生物医学科技有限公司长最早从事的技术服务项目之，7年来，我们为大量客户提供了生物芯片、特别是表达谱芯片技术服务，涉及到动物、植物、微生物等几十个物种。主要产品线包括美国affymetrix公司的Affymetrix芯片，美国Agilent公司的Agilent芯片以及台湾华联生物科技公司的OneArray芯片，以满足客户不同层次的需求。
■ Agilent全基因组表达谱芯片
■ 个性化定制芯片
■ Affymetrix全基因组表达谱芯片
■ Onearray全基因组表达谱芯片

Agilent全基因组表达谱芯片

• 独特的喷墨原位合成技术，产品稳定性好
• 探针长度60mer，可以兼顾灵敏性和特异性，使二者达到良好的平衡，检出率高，有利于捕捉对生命活动有更重要意义的低丰度基因
• 芯片随信息库及时更新，基因信息更新更全，可不断升级到高级芯片版本
• 灵活的定制方案，仅需基因组或EST序列，客户可任意定制自己的芯片

      ——在美国FDA组织的MAQC中，作为众多参与该计划的芯片制造商之一，Agilent的表达谱芯片产品无论从检出率，芯片的跨平台比较，数据重复性，平均CV，还是与qPCR的一致性等方面，均表现出卓越的性能。（MAQC：Nature Biotechnology Sept，2006文献结果：Agilent mRNA芯片平均CV＜10%，相关系数R2＞0.95，芯片结果与qPCR结果相关系数R2＞0.9）

Agilent个性化定制芯片优势：

• 只要有基因组序列或EST序列，即可定制个性化芯片，时间仅需两个月
• 高品质探针设计
• 低投入、高产出：无需预先合成探针，无需摇菌、抽质粒、PCR、纯化等步骤。
• 避免克隆误差
• 没有物种限制

Affymetrix表达谱芯片
      1992年，世界上第一张原位合成芯片在Affymetrix公司诞生，作为全球著名的基因芯片生产厂家，其完备的芯片设计，稳定可靠的分析结果和强大的生物信息分析能力，帮助研究人员在最短的时间内获得大量可靠的结果，为后续研究提供重要的线索和帮助。Affymetrix以其独特的技术，稳定的产品性能著称，产品深受广大研究工作者和药厂研究开发人员的喜爱。其产品涉及表达谱芯片、miRNA 芯片、SNP芯片等;其表达谱芯片种类丰富。

OneArray 表达谱芯片
      OneArray 表达谱芯片是台湾华联生物科技有限公司生产的芯片产品，各项技术指标测试证明，该产品品质与国际知名品牌不相上下。是唯一行销亚、欧、美的国产芯片，使用该芯片的研究论文发表在nature等知名科学期刊。该产品优势在于高性价比：同样的经费，您可以做更多的实验，获得更多有价值的结果。欧易生物作为华联生物科技公司大陆地区的深度合作伙伴和华东区总代理，为了更好地服务大陆地区客户，我们坚持：

• “原厂生产，原厂服务”，确保客户获得最可靠的数据
• “服务本土化”，当地化售前、售中、售后及分析支持，第一时间满足客户需求 

二、转录组技术服务之文库构建

■ 均一化cDNA文库
■ 抑制性消减杂交文库
■ 高库容的酵母双杂交文库
■ 成功构建文库的物种

均一化cDNA文库
      欧易生物长期从事核酸相关技术服务，积累了丰富的文库构建经验，擅长各类物种的cDNA文库构建，构建的文库库容大，滴度高。同时，我们利用利用双链特异性核酸酶(Duplex-Specific Nuclease, DSN)的先进cDNA文库均一化技术构建的均一化cDNA文库，能减低高丰度表达基因10-100倍，有效富集低丰度表达基因，从而降低冗余率。

文库特点：
      材料用量少，只需1ug总RNA；
      无需反复杂交过程，均一化程度高；
      均一化后平均插入片断大小无明显变化；
      均一化后，减低高丰度表达基因10-100倍。

      在此基础上，我们进一步发展了抑制性消减杂交（SSH）文库技术 ，快速获取两个不同生物材料中的差异表达基因。该技术尤其适合以基因组尚不完全清晰的物种、或特殊生物材料为研究对象的科研工作者。

文库特点：
      快速获取两个不同生物材料中差异表达基因
      可以获得EST序列，从而定制earray芯片
      实验周期短，服务稳定

      同时，我们还发展了高库容的酵母双杂交文库技术 ，高效调取相互作用蛋白，帮助您进行蛋白-蛋白相互作用研究。

      作为国内cDNA文库、均一化cDNA文库、酵母双杂交文库等各类转录组文库构建的主流服务供应商，我们已经成功构建的各类文库已经覆盖动植物，微生物等40多个物种，涉及到的材料包括：
      动 物：人、大鼠、小鼠、猪、牛、山羊、兔、狗、鸡、猴、鹅、蟹、鲫鱼、多宝鱼、对虾、壁虎、天牛、昆虫、线虫、蚜虫等。涉及到的组织部位包括肾脏、脑、腮、脾、输精管、肠、心脏、输卵管、肝脏等以及各种培养的细胞。
      植 物：拟南芥、水稻、玉米、棉花、大豆、小麦、油菜、甘蓝、白菜、黄瓜、西瓜、地瓜、牡丹、菊花、莲藕、番茄、香蕉、银杏、茶、槟榔、荔枝、木薯、百合、土豆、草、江蓠、紫菜、苹果、松针、红树等。涉及组织部位包括整株小苗，不同发育时期的种子、胚、胚乳，不同发育时期的花、雄蕊、雌蕊，不同发育时期的顶端分生组织，叶、根尖、穗及近期本司新做的杉木物种等。
      微生物：环境微生物、肠道微生物、禾谷镰刀菌、口腔病菌等。

三、转录组技术服务之深度测序

       2005年底，《Nature》杂志以里程碑事件报道了454公司推出的基于焦磷酸测序法的新一代超高通量基因组测序技术（深度测序）。之后，深度测序技术不断发展，目前已经形成了以454和solexa为代表的几类深度测代表技术。深度测序技术的蓬勃发展，使之前需要几个月甚至几年才能完成的全基因组测序缩短到几周甚至几天时间完成，为大量物种的全基因组测序、重测序、比较基因组测序以及个体化序列分析等提供了可能。欧易技术平台跟踪国际科学前沿，为客户提供基于当前主流深度测序技术和设备（454以及solexa）的技术服务。
■ 454深度测序
■ solexa深度测序
■ 两种测序方法比较

454深度测序

      欧易生物结合自身长期积累的转录组研究技术特长以及生物信息方面的分析力量，多年来持续跟踪并发展围绕深度测序的配套技术，同时联合美国具有丰富454测序经验的资深深度测序CRO公司，双方优势互补，共同为国内客户提供454转录组测序技术服务。与传统测序相比,显示出极高的性价比，时间方面更是具有绝对优势，４５４深度测序在大幅度节省经费的同时，大大提速了研究进程。

技术特点：

• 速度快：一个测序反应耗时10个小时，获得4-6亿个碱基对。比传统的Sanger测序的方法快100倍
• 读长长：单个序列的读长更长，平均可达到300-400个碱基，特别适合转录组测序
• 通量高：每个反应可以得到80万以上个序列读长；
• 准确度高：单一读长的准确性可以超过99%；
• 一致性好：测序结果一致性超过99.99%；
• 简便高效：不需要进行建库、克隆挑取、质粒提取等烦琐的工作。

      454测序读长长，适于各种测序，尤其在无参考序列的de novo测序中具有独特优势。
注意：454测序的准确率在99%以上。其主要限制来自同聚物，也就是相同碱基的连续掺入，如AAA或GGG。由于没有终止元件来阻止单个循环的连续掺入，同聚物的长度就需要从信号强度中推断出来。这个过程就可能产生误差。因此，454测序平台的主要错误类型是插入-缺失，而不是替换。基于此，转录组测序应去除polyA尾。

solexa深度测序

      Illumina Hiseq 2000测序系统是一种高通量测序技术，其测序原理和Illumina Genome Analyzer II测序系统相似，仍然是采用可逆终止法的边合成边测序技术。

技术特点：

• 每个run平均达到200G的数据通量，读长为2 x 100bp；
• 每个run可同时运行2张Flow cell, 且每张Flow cell 可进行上下两面扫描；
• 采用TDI 线性扫描技术，4个相机同时扫描；
• 预先配置、即插即用的试剂，简单的流动槽上样，触摸屏式的用户界面；
• 低成本：单次运行即可以～30倍的覆盖度同时对两个人类基因组样品进行测序，或同时绘制  200个基因表达谱。

      HiSeq 2000测序系统目前可应用在多个领域，包括：DNA测序、基因调控分析、测序法转录组分析、SNP发现与结构变异分析、细胞遗传学分析、DNA-蛋白质相互作用分析（ChIP-Seq）、测序法甲基化分析以及小RNA的发现及分析

454和solexa测序方法的比较

      与454相比，solexa测序读长较短，但后者测序费用低，信息量更大。相比较而言，solexa适合有参考序列样本测序，而454更适合无参考序列的de novo测序。也有文献报道两者结合进行转录组测序辅之以生物信息学手段深入分析，达到两种方法优势互补，提高覆盖率和精确性。

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