在定量PCR的分析中,检测模式的灵活性和特异性好像永远是一对无法调和的矛盾:目前常用的以SYBR Green I位代表的核酸染料适用范围广泛,但在反应过程中经常会产生非特异性的信号,且本底光也较大;而基于探针水解探针或是杂交探针模式的检测方法虽然保证了较高的特异性,但在灵活性方面又显得略有欠缺,通常一个或一对探针只能针对于某一个基因的定量检测分析,研究成本也比较高。如何才能做到“鱼”与“熊掌”兼得呢?罗氏应用科学部门推出的UPL通用探针库(Universal ProbeLibrary™)提供了一个最优化的解决方案。
借助生物信息学的研究成果,UPL通用探针库选取各转录组中高频率出现的165个8-9个碱基序列;同时在探针合成中采用了LNA技术(Locked Nucleic Acid)大幅度提高了探针的熔点温度,可识别出单个碱基的错配,借助扩增过程中的基因特异性引物的使用,确保了整个反应过程中的灵敏度和特异性。 |
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UPL通用探针库的卓越之处在于其8-9个碱基序列的独特设计,使得每个探针可以同7000个以上的转录本杂交;而每个转录本上最多可有19个不同探针的结合位点,从而可以轻松实现同一探针对多个基因的检测以及针对同一基因上几种跨内含子检测方式的设计。利用目前已开发的针对7个不同物种中的165个探针可以设计出超过2百万种实时PCR的检测模式,其中有超过70万种以上的为检测跨内含子区域。所有这些复杂的设计过程都可以通过UPL通用探针库的免费在线设计服务中心轻松完成*。
(Universal ProbeLibrary Assay Design Center)
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| *2006年3月31日前使用在线检测方案设计服务的用户,还有机会赢取价值USD$20的礼券。 |
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相信大家也都有这样的经历,从最初的探针设计到合成往往需要一周以上的时间,再到具体的实验操作和数据分析,有的时候因为种种原因还需要重新合成探针;而且对于不同基因的研究还需要合成不同探针,耗费了大量的时间和精力。UPL独特设计在确保每一个探针的灵敏度和特异性外,还大大提高了探针的使用效率。UPL提供的针对人,鼠,灵长类,果蝇,线虫及拟南芥等不同转录组的组合系列,方便了不同物种的转录组的研究需要。每个组合包括了90个探针,可以覆盖该物种全部的转录组序列,用于整个转录组的研究需要。只需一次定购,就可以将整套的探针保存在冰箱里;而每次实验前只需要登陆网上的设计中心,参照推荐的检测方案合成基因特异性的引物,再选取相应的检测探针就可以开始实验了,每一次探针的使用成本才USD 0.16,可以说是既方便又经济。
2006年罗氏应用科学部(www.roche-applied-science.com)在UPL通用探针库产品系列上还将陆续推出新的成员,敬请期待哦! |
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参考文献:
The ProbeLibrary™-Expression profiling 99% of all human genes using only 90 dual-labeled realtime PCR probes. Peter Mouritzen et al.BioTechniques Vol. 37, No.3 (2004): 492-495
ProbeLibrary: A new method for faster design and execution of quantitative real-time PCR. Peter Mouritzen et al.Nature Methods Vol.2 No.4 April 2005:313-316
Nucleolin links to arsenic-induced stabilization of GADD45α mRNA. Yadong Zhang et al.Nucleic Acid Reasearch, 2006 Vol. 34, No.2: 485-495
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