一、背景

       在精准预测、精准预警、精准医疗大背景下,随着基因分型、新一代测序、传感和图像技术的发展与成熟,产生了海量的基因组/表观基因组、生理、图像和临床的数据/统称表型组学(包括各类常见和罕见变异、insertion/deletion, CNVs, RNA-seq,methylation-seq and Chip-seq),使得大数据分析方法成为当前研究多基因复杂疾病易感性,复杂疾病的发生机制和疾病防治研究与药物开发的关键技术,并将成为我国基因组医学自主创新的重要条件。因为通过对不断增加的、越来越复杂多样的基因组、表观基因组及生理和解剖数据的分析将为整体解析疾病的遗传和表观遗传结构提供珍贵的信息,同时也将为提高疾病的诊断、预测临床结果、了解疾病进展特征、增强健康管理和精准医疗提供基础。

       本暑期课程班将提供对日益增加的、复杂多样的基因组、表观基因组及生理和图像大数据分析的统一标准框架、基础知识和有效的算法工具,并展示多变量分析到功能数据分析、关联分析到因果分析、低解析度数据到高解析度数据、单个基因组/表观基因组/生理/图像/临床到多个整合的数据分析的全套解决方案。

       课程设计通过真实数据和案例分析来介绍目前统计方法、计算算法和软件的发展,以满足当前对规模越来越大的复杂基因组、表观基因组数据统计分析培训的巨大需求。为此在西藏民族大学----学院和复旦大学现代人类学教育部重点实验室的共同支持下举办本次暑期课程班,旨在满足这种需求并为国内外基因组/表观基因组大数据分析、统计遗传学领域的专家学者、计算系统生物学家、从事复杂疾病遗传易感性研究和预防统计的专业人员、生物信息科学工作者、研究生提供一个互相交流的平台,也为今后的项目交流和相互合作创造条件。

因此本暑期课程班的目的是:

  • 举办一个组织良好和高品质的短期课程,探讨统计遗传学和基因组学的前沿发展和方法;
  • 促进复旦大学和各国大学、研究所的国际合作;
  • 为研究人员/学生与外国专家互动交流提供一个宝贵的平台;
  • 提供文化交流和跨文化学习的独特机会。

本期暑期课程班将采取中英文授课,专门增加实例操作,并对来自海外的国际学员开放。

二、时间和地点

2019年7月5日~7月11日

陕西    咸阳

三、报道和学习

报道时间:2019年7月4日

报到地点:咸阳燕原宾馆大堂(陕西咸阳市渭城区毕塬东路5号)

上课地点:西藏民族大学医学院学术报告厅(四楼)

上机地点:西藏民族大学信息工程学院计算机中心(二楼)

四、日程安排

日期

时间

授课内容

7月4日

全天

培训报到

7月5日

上午


开幕式:西藏民族大学校领导/学院、复旦领导致辞
 特邀报告(金力/卢大儒)
Association studies for next-generationsequencing (NGS)
1) Heritability calculation: fromGWAS to NGS (Yin Yao)
2) A multivariate analysis forsub-domains of ASD (Autistic disorders) (Yin Yao)
3) Exploring genetic overlap betweenSchizophrenia and obsessive compulsive disorder (Yin Yao)

下午

专题:基因组数据理论方法培训与研讨
1.群体遗传结构对关联分析的影响(何云刚)
2.群体基因组学与基因定位研究(徐书华)

晚上

上机实习 Plink and C (李明睿、乔春红、王一)

7月6日

上午

特邀报告(康龙丽)
Big Data Analysis in Precision Medicine
1) Discovery of novel driver genesimplicated in esophageal cancer (Yin Yao)
2) Genetic Analysis of Anti-depressant effect (Yin Yao)

下午

专题:基因组数据理论方法培训与研讨
1. 比较基因组学和分子进化中的统计分析方法(谷迅/苏志熙)
2. 机器学习(王一)

晚上

上机实习(苏志熙,王一)

7月7日

上午

特邀报告(王文静)
1) 精准医学研究设计与统计分析方法/组学大数据分析中的因果推断方法(薛付忠)

下午

专题:基因组/转录组数据理论方法培训与研讨
1.  理解复杂的转录组:从头到尾(倪挺)
2. 人体共/寄生菌群的微进化研究方法(周雁)

晚上

上机实习(倪挺、周雁、王一)

7月8日

上午

特邀报告(王久存)
1)  ChIP-Seq数据分析(陆晨琪)

下午

专题:基因组数据理论方法培训与研讨
1.人类群体中正向选择信号的检测(汪思佳)
2. 技术报告(安捷伦)

7月9日

 

实习与考察

7月10日

 

离会


五、特邀报告人

1. 金力,博士、复旦-浩青特聘教授、中科院院士,复旦大学副校长。研究领域涵盖医学遗传学、遗传流行病学、计算生物学、人类群体遗传学和基因组学。承担973、863等多项国家重点研究项目和重大课题。在国际学术刊物如Nature、Science、PNAS、American Journal of Human Genetics等发表论文200余篇。HumanGenomics、现代人类学通讯主编。

2. 姚茵,教授,博士生导师。哥伦比亚大学遗传学博士,法国里昂国际癌症研究所博士后。复旦大学现代人类学研究中心特聘教授,现为美国NIH精神疾病研究所研究员。多年来一致从事复杂疾病遗传易感性研究。先后主持和承担了多个NIH课题,具有丰富的复杂疾病遗传易感性研究关联分析工作经验。在Nature Genetics、Science、American Journal of Human Genetics、Cancer Research等国际学术刊物发表论文100余篇。

3. 卢大儒,教授,博士生导师。复旦大学生命科学学院遗传学研究所教授。主要研究方向为基因组医学,人类遗传学, 基因治疗。发表SCI论文百余篇,获奖30余项。兼任中国遗传学会副秘书长等职,和实验生物学报、国外医学遗传学分册和突变癌变畸变杂志编委等。

4. 谷迅,教授,博士生导师。美国爱亥华洲立大学遗传学系教授。主要研究方向为比较基因组学、生物信息学、系统生物学。在国际学术刊物上发表论文多篇,获奖多项。

5. 徐书华,中科院特聘研究员、上海科技大学特聘教授、中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所研研究组长、博士生导师、马普青年科学家小组组长;获国家杰出青年基金;上海市优秀学术带头人;科技部中青年领军人才;兼任中国遗传学会理事、上海市遗传学会常务理事、上海市人类学会理事、Molecular Genetics and Genomics (德国)编委、HumanGenomics(英国)编委、Hereditas(英国)编委、ScientificReports(英国)编委、BMCGenetics(英国)编委(SectionEditor)。长期致力于群体基因组学研究,专注于遗传和微观进化问题;在Science,PNAS,AJHG等发表SCI论文100多篇。

6. 何云刚,博士,中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所研究员。主要从事人类群体遗传学和计算基因组学研究,并着重于基因组多态性的群体遗传学, 计算基因组学和疾病研究中的计算生物学问题。部分相关工作发表在PNAS、CellResearch等杂志。

7. 石乐明,博士,复旦大学生命科学学院教授,国家千人计划特聘专家,从事精准医学、药物基因组学和医学大数据研究。领导MAQC国际组学大数据质控与标准化研究计划,自然出版集团出版3个专辑;发表论文190多篇(其中11篇发表于Nature Biotechnology),SCI引用7,000多次;获4项美国专利授权,1.1类原创抗肿瘤新药西达本胺获CFDA批准上市。

8. 倪挺,博士,研究员,博士生导师。现为复旦大学生命科学学院研究员并入选中组部“青年千人”计划。主要从事真核生物全基因组水平的基因表达调控研究。针对转录起始、过程调控、转录终止这三个核心环节,系统创建了基于高通量测序方法的转录研究体系,特别是转录起始位点、反义转录体和多聚腺苷酸加尾的全基因组水平精确定位。在Nature Methods(一作), Nature Protocols(一作), Nature(共同作者), PNAS(共同作者, 三篇)等杂志发表多篇重要论文。申请13项中美专利,5项已获授权。

9. 田卫东,教授,博士生导师。现为复旦大学生命科学学院生物统计学研究所教授。曾获上海曙光学者、上海浦江人才等,中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会理事,上海市医学会罕见病专科学会专业委员。主要研究方向为运用统计学、计算科学、生物信息学等手段进行算法开发,对组学数据进行整合分析并精确预测基因功能、基因-基因相互作用关系、基因表现型及疾病候选基因等;构建生物大分子网络模型鉴定基因模块、研究基因模块在疾病生物网络中的动态变化行为。

10. 王文静,教授,主任医师,博士研究生导师,美国Vanderbilt大学In-gram医学中心博士后;曾获国家杰出青年基金、上海领军人才、上海市优秀学科带头人、上海市科技启明星、启明星后。现任复旦大学教授、上海交通大学兼职教授,上海市遗传学会遗传与分子诊断专委会副主任委员。主要从事分子流行病学技术在慢性病、肿瘤预防和控制中的应用工作。曾先后主持国家“973”项目、国家“十一五”重大传染病防治”科技重大专项、国家自然科学基金等。已在《Genetics》、《PLoS Genet》、《Cell Research》、《Hum Mol Genet》等国内外核心学术期刊上共发表学术论文或论著121篇,曾获国家科技进步三等奖、中华预防医学会科学技术奖三等奖、上海市卫生系统 “银蛇奖”、上海市科技进步奖一等奖等多项奖项。

11. 薛付忠,生物统计学教授,博士研究生导师。现任山东大学公共卫生学院副院长,山东大学齐鲁生物医学大数据研究中心主任;兼任中华预防医学会健康保险专业委员会主任委员、中国慢病大数据发展联盟副理事长、中国卫生信息学会医学统计教育专业委员会副主任委员及理论与方法学专业委员会常务委员,中华预防医学会生物统计学专业委员会常务委员,国际生物统计学会中国分会(IBS-China)常务理事等职。主要研究领域包括“组学数据统计分析与系统流行病学理论方法研究与应用”等。先后主持或承担了国家自然科学基金面上项目9项,科技部“863”项目、国家科技支撑计划项目、国际合作项目等多项课题。以第一作者或通信作者在国内外发表论文150余篇,其中60余篇被SCI收录。获省部级奖3项,获国家发明专利1项。参编卫生部、教育部规划教材3部。

12. 康龙丽,教授、博士生导师。现任西藏民族大学高原病分子机制与干预研究重点实验室主任、高原环境与疾病相关基因研究高校重点实验室主任。国家人力资源与社会保障部百千万人才工程国家级人选、国家有突出贡献中青年专家、享受国务院政府津贴专家、全国先进科技工作者、重点学科和科学技术带头人、省级教学名师。研究方向:环境与疾病相关机理研究。近年来,主持完成国家和省部级科研基金30余项,发表科研论文150余篇,SCI收录60余篇,主编或参编研究生教材和科研著作7部。获得教育部自然科学奖二等奖(1项)、省级和国家民委进步奖等十余项。社会兼职:《高原医学与生物学》杂志编委;《国外医学与医学地理分册》常务编委;中国生物化学与分子生物学学会理事;陕西省遗传学会常务理事等。

13. 汪思佳,博士,研究员,博士生导师。现为马普Paul Gerson Unna青年科学家小组组长,加入中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所。主要从事人类群体遗传学研究。近年来的相关工作发表在Cell、PLoS Genetics、American Journalof Human Genetics等杂志。

14. 陆晨琪,副教授,硕士生导师。现为复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系副教授。主要研究方向,生物复杂网络拓扑结构研究(模块结构分析和网络演化模型),和整合高通量组学数据,研究疾病发生发展的非编码RNA、DNA甲基化和组蛋白修饰等表观遗传机制。所做工作发表在Genome Biology等国际一流杂志。

15. 周雁,教授,博士生导师。现为复旦大学生命科学学院微生物学与微生物工程系教授,上海人类基因组研究中心研究员、生物信息部主管,上海市生物信息协会理事。参与人类基因组计划、水稻基因组计划与家蚕基因组计划,负责完成日本血吸虫基因组、棘球绦虫基因组计划注释工作。所做工作发表在《Nature》、《Nature Genetics》、《Science》、《Nucleic Acids Research》等国际一流杂志。

16. 王一,青年副研究员。研究方向为人类遗传学,生物信息学,统计学,机器学习,计算机科学。发表SCI论文68篇,总共被引用8955次,H因子22。参与大量遗传易感性和群体遗传学的研究,参与千人基因组国际项目,开发了SNPTools软件,在七个国际小组的竞赛中获胜,成为项目一期的公认方法,产出了项目一期的中期数据。在统计学和机器学习方面,分别讨论了生物芯片的差异表达基因检出,两个连续变量的非线性相关性检出和通用大数据预测模型以及核模聚类。在二代测序分析和精准医学方面积累了较多的成果,包括:《小王医生》辅助诊断系统,高准度二代测序比对算法,GoldArray虚拟芯片技术,全基因组低乘数imputation技术等。在精准医疗实践方向,成功的辅助医生基因诊断了多例罕见病,获得良好社会效益。为公安部开发出法医STR亲缘搜索系统,多省公安部门已经开始实战使用。


六、组织委员会

主任委员:金力院士(复旦大学副校长)

委员:康龙丽(西藏民族大学)、姚音(复旦大学)、卢大儒(复旦大学)、徐书华(中科院计算生物所)、何云刚(中科院计算生物所)、谷迅(复旦大学)、石乐明(复旦大学) 、王文静教授(上海CDC)、薛付忠(山东大学)、王久存(复旦大学)、汪思佳(中科院计算生物所)

秘书长:钱吉(复旦大学)

七、联系方式

联系人:钱吉    王玲娥      马利锋
通讯地址:上海市淞沪路2005号复旦大学江湾校区生命科学学院大楼A601,200438
电话:13918022845
传真:021-51630607
E-mail: jiqian05@gmail.com

八、举办单位

主办单位 :西藏民族大学、复旦大学、上海市遗传学会

承办单位:西藏民族大学医学部,高原病分子机制与干预研究省级重点实验室、复旦大学现代人类学教育部重点实验室、基因技术教育部工程中心

合作媒体:医传网(www.biomeds.cn)

九、注册和费用

1.注册费用

2019年5月31日前(优惠报名):
学生:2000元/人    其他人员:2400元/人
2019年5月31日后:
学生:2500元/人   其他人员:2800元/人

2.注册费用说明:注册费包含资料费、餐费。学员交通费、住宿费回原单位报销。

3.报名方式

2019年6月15日之前扫描下方二维码识别报名,或点击“https://www.wjx.top/jq/37058755.aspx”报名
名额有限(共120人),请尽早报名。

4.注册费汇寄

银行转账或汇款方式:

户        名:复旦大学
开户银行:中国农行翔殷路支行营业部
帐        号:033267-08017003441
用        途:论坛会议费 

注:转账或汇款时,敬请注明:“姓名-单位-生命组学大数据分析2019暑期学校”


西藏民族大学医学院, 高原病分子遗传机制与干预研究重点实验室
复旦大学现代人类学教育部重点实验室
复旦大学基因技术教育部工程中心
上海市遗传学会
2019年3月



实用信息-住宿和交通

住宿

1.咸阳燕原宾馆(218元/间)
  电话:029-33787888 
地点:咸阳市渭城区毕塬东路5号(到西藏民族大学北门约150米) 

 

2. 咸阳云骏酒店(258元/间) 
电话:029-3313 3111 
地点:咸阳市渭城区迎宾大道南段2号(到西藏民族大学北门约700米)


3.咸阳铂悦酒店(198元/间)
  电话:029-3281 6666 
地址:文林东路10号望塬大厦(渭城区政府对面) (到西藏民族大学北门约1.2公里) 

交通

1、西安咸阳机场——西藏民族大学
路线一:乘坐机场大巴咸阳市区线至民院十字下车步行约800米,票价15元,全程14.5公里,需时57分钟,步行480米;路线二:滴滴打车约35元,出租车50元。

2、西安北站——西藏民族大学
路线一:地铁2号线 → 地铁1号线 → 13路/13路延点区间 ,全程36.8公里,需时2小时9分钟,步行2.4公里;路线二:滴滴打车或出租,按里程收费,大约80元。

3、咸阳秦都站——西藏民族大学
路线:21路 → 15路 ,全程7.9公里,需时1小时7分钟,步行1.1公里,4元。

4、咸阳火车站——西藏民族大学
路线:28路,全程2.7公里,需时28分钟,步行780米,2元。



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