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《转录组学与多组学整合研究指南》免费送!

本书由派森诺资深技术团队编撰而成,全面系统阐述了转录组学、蛋白质组学、代谢组学、表观基因组学(甲基化)等各组学的概念、研究思路、测序知识点、常见问题解答、经典文章案例、样品要求等各个方面,涵盖了各组学的各方面的技术细节。

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促销产品介绍

转录组测序 (transcriptome sequencing) 的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的mRNA集合,可以在整体水平研究基因功能以及基因结构,发现不同生理或者病理状态下细胞、组织或个体内差异表达的基因。目前已经广泛用于基础研究、分子育种、临床诊断和药物研发等领域。


产品优势

分析内容

序号 分析项目 序号 分析项目
1 原始数据整理、过滤及质量评估 17 趋势分析

2 参考基因组注释整理与统计 18 表达差异基因 GO 富集分析

3 比对结果基本统计 19 表达差异基因 KEGG 通路富集分析

4 比对区域分布统计 20 差异表达基因蛋白互作网络分析

5 基因覆盖均一度 21 外显子表达差异分析

6 表达量分析 22 转录因子分析

7 READS 在已知类型基因的分布 23 新转录位点统计和注释分析

8 不同表达区间基因的统计 24 cSNP 和 Indel 统计和注释分析

9 样本间共有特有表达基因统计 25 差异可变剪切分析

10 FPKM 密度分布 26 UTR 分析

11 FPKM 饱和度 27 基因组圈图

12 样品相关性检验 28 组间共有特有差异基因可视化

13 PCA 分析 29 转录组可视化平台搭建

14 基因表达差异分析 30 转录本表达差异分析

15 多组差异表达分析比较 31 共表达网络分析

16 聚类分析    

标准分析内容展示


文章举例-造血干细胞转录组

题目:Retinoid-Sensitive Epigenetic Regulation of the Hoxb Cluster Maintains Normal Hematopoiesis and Inhibits Leukemogenesis
期刊: Cell Stem Cell
年份: 2018
影响因子:23.394

简介:Hox基因调节造血干细胞(HSC)的性质,并且在祖细胞中重新获得Hox表达会促进白血病发生。最近的研究揭示了造血中的顺式调节网络的重要性,但是,对于调节HSC中生理功能和潜在机制至关重要的特定顺式调控元件(CREs)在很大程度上是未知的。

平台:Illumina HiSeq

结果:分析揭示了Hoxb簇和类视色素信号基因主要在LT-HSC中富集,并且Hoxb表达的协调调节由类视黄醇依赖性顺式调控元件,远端元件RARE(DERARE)介导。DERARE的缺失降低Hoxb表达,导致许多下游信号传导途径(例如,非经典Wnt信号传导)的改变以及HSC自我更新和重建能力的丧失。DNA甲基转移酶介导DERARE上的DNA甲基化,导致减少Hoxb簇表达。研究结果证明维甲酸信号转导和DERARE在维持HSC和通过Hoxb基因的协调调节预防白血病发生中起关键作用。


  • WT和DERARED缺失的HSC细胞的RNA-seq

  •  


    Wnt5a处理的HSC的转录组分析

参考文献: 10.1016/j.stem.2018.04.012 点击下载