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一种基于多重PCR的人类线粒体基因组高通量 测序方法

孙嘉仪,杨超,胡晓雯,张娟,周代占,贺林*,万春玲*

上海交通大学Bio-X研究院,上海精神卫生中心,上海 200030

 
Key Words: 人类线粒体基因组,多重PCR,二代测序
 

Abstract

摘要 人类线粒体基因组DNA(mtDNA)是一个16569bp的双链闭合环状DNA分子,具有母系遗传、 多拷贝、 高异质性及高变异率等特点,是研究人类遗传和进化上广泛使用的分子标记. 近几年,高通量测序技术的出现, 使得在短时间内准确测定mtDNA序列成为可能;但目前常用的高通量测序建库方法操作复杂、 研究费用相对 较高. 基于多重PCR扩增的测序方法具有高效率、 高灵敏度、 低成本的特点,因而适用于大规模线粒体基因 组的变异检测分析. 利用73个相互重叠的扩增子通过多重PCR方法来扩增中国人的线粒体全基因组,在扩增 片段两端连接特定的接头序列,然后在IlluminaHiSeq X Ten平台上进行高通量测序. 对获得的测序数据分析发 现,mtDNA每个位点的测序深度均达到2000×以上;当测序深度为100×时,所有样本的序列覆盖度都达到100%; 数据质量适用于后续的变异检测分析. 利用本研究建立的基于多重PCR的二代测序方法无需片段化即可直接 上机测序,在复杂遗传病的研究中有着广泛的应用前景.


 

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