Batch Processor（批处理工具）
　　批处理工具可以无需人工操作，进行和和全自动找点，定量，匹配和多重2-D DIGE凝胶之间的比较。批处理工具链接了DeCyder 2-D DIA 和 BVA 模块来进行找点和多重凝胶图像之间的匹配。每个实验中几百个图像对，每块胶中最多三色荧光标记。

Differential In-gel Analysis (DIA)（胶内差异分析模块）　　
　　 DIA最多检测一块胶中完全重叠的三幅图像。
利用专利的算法对三幅图像（一个内标和两个
样品）进行共找点，从而得到一致的和精确的
比值计算。全自动进行背景扣除，定量，归一
化胶内的匹配以便达到低实验偏差的高通量分
析。软件界面被分成四部分：凝胶视图，点分
布图，3-D视图，和蛋白点数据表格视图。这
些视图都是相互链接的，只要选择其中一个视
图上的一个点，在其它视图上同一点的信息将
被显示出来(图3)。

Biological Variation Analysis (BVA)（生物学差异分析模块）
　　 BVA在凝胶之间进行匹配，并检测所有凝胶上的样品之间差异的一致性并应用统计学计算每个差异的可信度水平。BVA用户界面被分成四个链接的部分，如同在DIA用户界面中的那样 (图 4a)。除了这四个视图外，还有四种方式从不同方面显示凝胶之间匹配数据。在图像视图或全屏显示中最多可显示48幅凝胶图像(图 4b)。

BVA有四种基本实验组比较方法能够被用于分析蛋白点数据：
● 在两个实验组或者两群实验组之间的平均比值
● 在两个实验组或者两群实验组之间的Student’s t-test分析
● One-way ANOVA用于在所有实验组之间的统计学分析
● 在一个实验设计中当有两个独立的实验因素
　 例如时间-剂量研究时，利用Two-way
　NOVA在实验组之间或实验组群之间进行统
　计学分析。这一分析能够定量两个实验因素
　的内部和相互之间的影响。

　　BVA模块是用于确定不同实验组中特定蛋白表达变化的显著性。软件进行适当的统计计算并把结果显示在Protein table中。曲线图显示了在不同实验组之间的差异，提供了关于离散度的信息，也就是在凝胶之间数据的一致性。

　　统计学分析能够被用来选择蛋白点以便进一步挖点，酶解和随后的质谱分析。蛋白点的选择可以是基于多重标准例如变化的统计学显著性，变化的倍数和点的强度。

		图 3. 在DIA用户界面中每个视窗部分都是相互链接的。
		图 4a. BVA用户界面用来对样品之间的差异进行检测和统计学定量。
		图 4b. BVA界面全屏显示48幅凝胶图像。

XML Toolbox（XML 工具箱）
　　在DIA和BVA中产生的数据都可以被保存成XML文件。 XML工具箱由DeCyder 2-D软件产生的不同的XML文件中提取数据，可以按需要把数据转换成text文件, HTML文件, 或其它数据格式。提供了两个基本工具来创建Tabbed text文件和网络表格。XML格式能够被用于在DeCyder 2-D软件的不同模块之间转移数据，和使数据为后期处理可用。

内标的重要性
　　合适的实验设计和统计学分析的使用(EDSA)是2-D DIGE技术的核心并确保最佳的可能结果。推荐的EDSA采用混合内标的方法，消除凝胶之间偏差相关的系统误差。这一方法学是2-D DIGE所特有的。

　　内标是通过把在一个实验中所有生物学样品取相同的量混合在一起构成的。内标由其中一个CyDye DIGE荧光标记物标记，随后与标记的样品混合后一起跑电泳。这样样品在胶内就与统一的内标相对应起来，从而得出精确的定量结论并且把凝胶之间的差异与遗传性生物学差异分开。