安玛西亚基因园

在PCR中应用
    许多遗传分析利用不同形式的PCR技术来降低基因组的复杂性和分析特殊序列。将GenomiPhi扩增产物与提取的基因组DNA进行比较，做为PCR底物分别进行单一，中度混合(6-8个混合)和高度混合(62个混合)PCR反应。利用MGB Elipse^TM探针进行实时定量分析，比较PCR的效率。GenomiPhi扩增产物在进行PCR反应之前不需要纯化。
    对人的7条染色体上的8个位点进行分析得出结论，扩增产物和基因组DNA具有相同的强度值(Ct)和PCR效率，证明这些位点没有扩增的误差(图3)。另外，拷贝数(假定1ng DNA相当于300拷贝)也一致，说明即使没有经过纯化扩增材料的定量仍然是可靠的。
    对于多重PCR，GenomiPhi扩增产物先纯化再进行PCR反应或者增加反应成份可以提高效率，得到更好的结果。高分子量产物可以通过沉淀或凝胶过滤层析进行纯化。能够帮助提高多重PCR效率的成分，包括非离子去污剂、BSA和额外的Taq DNA聚合酶。采用这些方法中的任何一种，扩增DNA和基因组DNA进行多重PCR分析都能得到一致的结果。

在SNP基因定型中应用
有效的扩增技术必须在双链的所有位点都保持原始DNA序列，从而保留杂合性信息。通过HuSNP^TM作图测试比较扩增DNA和基因组DNA(图4)。这种生物芯片测试可以在一张芯片上同时检测全基因组大约1500个SNPs。在GenomiPhi扩增反应中，用1ng起始样本得到和基因组DNA相近的结果(大约1100个clear calls，大于99.3%的准确率；图4)。当用10pg起始样本(大约3个拷贝)进行扩增时，则得到较少的SNP结果和较低的准确率(920个clear calls，80.2%准确率)。从这些结果得到结论，至少需要1ng起始样本。
用其它几种SNP检测方法，都证明了扩增材料的SNP信息得到保留，包括MegaBACE^TM SNuPe^TM基因定型试剂盒、单碱基延伸电泳分析，MGB Elipse探针，Invader^TM基因定型，和PCR产物直接测序。用GenomiPhi 全基因组扩

图2 脉冲场凝胶分析。每个泳道有400ng DNA。M1为50kb ladder，M2为lambda ladder。
G=人基因组DNA，
G =扩增DNA。U=未消化样本，D=用EcoRI完全消化样本。样本在1%琼脂糖凝胶上65V，48小时分离。