1. 从粗制血液裂解物中扩增全基因组DNA。
全血是用于遗传分析的常用材料,但是从血样中分离基因组DNA通常需要复杂的纯化步骤。我们用一种简单,高效的方法,利用GenomiPhiTM
全基因组扩增试剂盒从全血中扩增基因组DNA并将扩增产物作为PCR模板。这一方法与常用的抗凝血剂相兼容,包括肝素,EDTA和柠檬酸。
只需要简单的碱裂解处理即可成功地扩增血液样本基因组DNA(图1)。抗凝血剂的存在对扩增产率没有影响。影响产率的是制备血液裂解物时血样稀释液的用量。用量多则血样中的血红素多,会抑制扩增反应导致产率下降。空白对照样品有背景扩增,但扩增产物没有得到任何基因特异性的PCR片段(图2中的10-12泳道)。
在PCR实验中,用所有三种抗凝血剂扩增得到的产物都获得了预期PTGER3位点的328bp片段(图2)。 抗凝血剂类型对PCR结果没有影响,不象血液用量影响较大。要得到完全有代表性的基因组扩增产物所需要的模板DNA最小量为1ng。用Genomiphi
从粗制血液裂解物中扩增全基因组DNA有以下好处:
* 不需要从血液样本中纯化DNA。
* 从少到10μl血样中,可以进行多达180次GenomiPhi反应,每个反应20μl,这样就可以进行3600(180x20)次下游应用分析。
* 从BD Vacutainers得到的加入不同抗凝血剂的血液样本可以作为模板。
* 扩增得到的DNA样品可以直接用于下游应用,如PCR,不需要进一步的纯化。
* 初始的遗传序列被保留。
2. 从颊细胞中扩增全基因组DNA
口腔壁药签擦拭是一种低成本,简便的收集基因组