基因组学专题  
 
 

位基因丢失分别有6个样本(100ng起始模板),5个样本(1ng起始模板),3个样本(0.1ng起始模板),和3个样本(0.02ng起始模板)。因此扩增产物可以得到与基因组DNA一致的可靠的结果。

结论
    GenomiPhi 全基因组扩增试剂盒提供一个可靠的方法,从纳克级基因组DNA得到微克级DNA产物。得到的DNA

 
产物是高分子量、高保真、有代表性的扩增产物。在PCR,SNP和STR应用中证明了序列的保真性和功能性。另外,扩增产物可以被再扩增,这一方法可用于细胞系的保持以开展进一步基因组研究。
 
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Genomiphi DNA Amplification Kit 100 reactions 25-6600-01
Genomiphi DNA Amplification Kit 500 reactions 25-6600-02
 
GenomiPhi的应用
 

1. 从粗制血液裂解物中扩增全基因组DNA。
    全血是用于遗传分析的常用材料,但是从血样中分离基因组DNA通常需要复杂的纯化步骤。我们用一种简单,高效的方法,利用GenomiPhiTM 全基因组扩增试剂盒从全血中扩增基因组DNA并将扩增产物作为PCR模板。这一方法与常用的抗凝血剂相兼容,包括肝素,EDTA和柠檬酸。 只需要简单的碱裂解处理即可成功地扩增血液样本基因组DNA(图1)。抗凝血剂的存在对扩增产率没有影响。影响产率的是制备血液裂解物时血样稀释液的用量。用量多则血样中的血红素多,会抑制扩增反应导致产率下降。空白对照样品有背景扩增,但扩增产物没有得到任何基因特异性的PCR片段(图2中的10-12泳道)。
    在PCR实验中,用所有三种抗凝血剂扩增得到的产物都获得了预期PTGER3位点的328bp片段(图2)。 抗凝血剂类型对PCR结果没有影响,不象血液用量影响较大。要得到完全有代表性的基因组扩增产物所需要的模板DNA最小量为1ng。用Genomiphi 从粗制血液裂解物中扩增全基因组DNA有以下好处:
* 不需要从血液样本中纯化DNA。
* 从少到10μl血样中,可以进行多达180次GenomiPhi反应,每个反应20μl,这样就可以进行3600(180x20)次下游应用分析。
* 从BD Vacutainers得到的加入不同抗凝血剂的血液样本可以作为模板。
* 扩增得到的DNA样品可以直接用于下游应用,如PCR,不需要进一步的纯化。
* 初始的遗传序列被保留。

2. 从颊细胞中扩增全基因组DNA
    口腔壁药签擦拭是一种低成本,简便的收集基因组

 
 
DNA方法。这一方法被广泛使用,它不需要冷藏,经过几年的储存DNA仍然可用。我们成功地用GenomiPhiTM 全基因组扩增试剂盒从颊细胞中进行简单,高效的基因组DNA扩增。得到大量的基因组DNA可以被直接用于下游应用例如PCR,SNP和STR基因定型。这一方法非常简单,并且与常用的药签都相兼容。用于GenomiPhi试剂盒的口腔擦拭样本不需要进行DNA纯化。 扩增产物可以直接用于下游PCR应用。另外,在空白对照中发现的背景扩增不影响下游PCR应用的结果。

3. 全基因组扩增和外切酶III(Exonuclease III)基因的克隆和表达
    到目前为止,许多微生物的基因组研究是非常困难甚至是不可能的,包括在实验室不能被培养的一些细菌,真菌,病毒和原生动物。已经研究出一些复杂的培养基使一些有机体可以繁殖,但是使用起来费用非常高并且浪费时

 
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