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用于siRNA的RNA试剂:
化学合成的siRNA:不需要使用者做准备,但成本高,价格贵,相对不稳定。
转录产生的siRNA:使用原核RNA聚合酶进行试管转录产生,须多步酶反应、提纯。
从长双链RNA经酶切产生的siRNA:以靶标基因的cDNA为模板进行试管转录产生正义及反义RNA,退火,再利用RNaseIII将其切割成短双链RNA。比经转录产生siRNA省时间,但有更大可能引起非特意性RNAi。
用于siRNA的DNA试剂:
通过将DNA分子导入细胞,在细胞内产生siRNA。通常将编码siRNA或具有类似作用的小发卡型RNA(shRNA)的模板DNA克隆到建有真核RNA聚合酶III启动子及终止子的质粒载体上,利用真核RNA聚合酶III在细胞内转录出siRNA或shRNA。这一聚合酶适合产生小RNA,特别是其终止子是4-5个T碱基,在RNA
3’端留下2个U,正好符合siRNA的要求。这一方法需要克隆、质粒筛选、测序。另外,为满足克隆需要,大多数现有质粒载体的设计要求改变聚合酶III启动子或产生的siRNA有多余碱基。克隆过程中的质粒自连接也是一个经常发生的问题。
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