蛋白质序列分析新工具被开发出来 |
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小】 www.ebiotrade.com 时间：2005年12月02日 来源：生物通 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ |
摘要： 美国能源部Brookhaven国家实验室的研究人员编写了一种能够将“小麦”从“谷壳”中挑选出来的计算机程序。有关这个程序的信息在BMC Bioinformatics上有描述。这个程序能够对相关的蛋白质组进行比较并标记出可能控制蛋白质功能的个体氨基酸位置。
这个新的程序叫做CPDL即conserved property difference locator的缩写，它能确定出两个相关的蛋白质组间氨基酸的差异位点。 |
生物通报道：自从人类基因组测序完成后，生命科学研究的重心逐渐由基因组转移到了蛋白质上。随着越来越多的蛋白质序列的获得，研究人员越来越需要找到能够抽出小的信息亚单元来确定蛋白质功能的方法。除了找出使相关蛋白相互区别的地方，这些信息还可能帮助研究人员加工蛋白质，以使它们执行新的任务。
现在，美国能源部Brookhaven国家实验室的研究人员编写了一种能够将“小麦”从“谷壳”中挑选出来的计算机程序。有关这个程序的信息在BMC Bioinformatics上有描述。这个程序能够对相关的蛋白质组进行比较并标记出可能控制蛋白质功能的个体氨基酸位置。
这个新的程序叫做CPDL即conserved property difference locator的缩写，它能确定出两个相关的蛋白质组间氨基酸的差异位点。经验告诉研究人员，这种位点很可能在生物学上对确定两类蛋白质的特定功能方面是至关重要的。
研究组使用这个程序来扫描三种测试实例时（每个“案例”都由两组相关但功能不同的酶构成），这个程序能稳定地确定出先前根据结构或生化实验预测出的酶活性位点附近的位置。这意味着CPDL将可能广泛用于确定可能在决定蛋白质类群中起到一定作用的氨基酸残基。
研究人员目前已经使用这种比较序列分析法去鉴定蛋白质的活性位点，并且还利用这些知识来通过转换特殊氨基酸残基改变酶的功能。但是“手动”的比较序列方法劳心劳力且易出错，而且用于分析越来越多的蛋白质库中的数据是不实际的。
新开发的CPDL能够从同时含有有用和无用信息的蛋白质数据库中抽出相关的功能信息。而且，由于CPDL不需要知道一个蛋白质的结构，而只是需要知道氨基酸序列即可，因此它能够被用于细胞膜蛋白质的研究。（生物通记者杨遥）
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