生物通报道：来自Cold Spring Harbor Protocols（CSH）的消息，随着成百上千生物体的基因组测序结果公布，下一个生物领域的主要挑战就是辨认蛋白及其它复杂大分子之间的相互作用。日前CSH冷泉港实验指南（http://www.cshprotocols.org)公布了两个免费的有关蛋白相互作用分析，以及复杂分子相互作用的方法指南。

针对蛋白与DNA相互作用的研究是一个繁琐的过程，这主要是因为每次蛋白相互作用的伴体都不同。然而随着现在生物技术的发展，特别是高通量技术的出现，以基因组为基础的技术能够帮助科学家们建立蛋白—蛋白，蛋白—DNA相互作用大型相互作用图谱。CSH此次公布了与此相关的方法，主要是为了帮助研究人员完成作用图谱，以及更好的理解功能性生物过程。

其中一个由麻省大学医学院的Dr. Marian Walhout和他的同事共同完成，提出了一种可以识别复杂生物体中蛋白—DNA相互作用的方法。这个研究队伍利用这种方法通过对模式动物线虫C. elegans (即在许多发育生物学中提到的 "worm" )绑定蛋白进行DNA测序获得了蛋白—DNA相互作用网络。由于这一方法也依赖于基础的分子生物学技术，因此也可以用于分析其它物种中基因调控的统一模式。

另一个研究人员面对的技术挑战就是在一个典型的细胞中的蛋白量相对而言是比较少的，因此CSH此次推出的另一个方法就是"MuDPIT" (Multidimensional Protein Identification Technology，多维蛋白识别技术)——一种识别复杂混合物中稀少蛋白的方法。这种方法复合了目前先进的蛋白识别技术和计算机分析技术，已经成功的应用到了酵母蛋白相互作用分析中了。

附：
冷泉港实验室出版社

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CSH Protocols在线于2006年5月成立，目前已经提供了覆盖细胞和分子生物学等领域的700多个实验指南。
（生物通：张迪）