生物通报道：计算机既是科技发展的成果，同时也是促进科技发展的驱动力。计算机模拟技术广泛应用与科学研究中，并将起到越来越重要的作用。

最近，霍华德休斯医学院（HHMI）的Alex Perryman领导的研究组通过计算机模拟出了HIV 蛋白酶不同构型的变化。这些分析结果可能为开发治疗抗药性HIV的药物提供新靶标。研究人员希望这些模拟结果能够帮助制药公司或生化研究人员研发新的HIV蛋白酶抑制剂。

目前，用于治疗 HIV 感染的鸡尾酒疗法 HAART大多都包含三种抗病毒药物，如蛋白酶抑制剂或逆转录酶抑制剂，该混合疗法的目的是希望通过结合使用多种药物使HIV病毒不易同时变异而产生多种抗药性。但是，目前美国约有 50% 接受治疗的 HIV 患者对其中至少一种药物已产生了抗性。近期还发现感染 HIV 者常携带抗药性病毒株——这意味着抗药性病毒株发生率正在逐渐增加。

通过计算机模拟HIV蛋白酶，有助于了解目前 HIV 蛋白酶抑制剂的活性作用区，并且也是发展抑制HIV整合酶 (integrase) 药物的关键。目前作用于这种酶的新型抑制剂正在进行第三期的人类临床试验。

Perryman 等人利用AMBER 计算机模拟程序进行了HIV酶不同构型的预测。他们希望能发现并创造出能控制该酶的变化的物质。Perryman目前正在计划将蛋白质工程的技术应用于开发疗效性蛋白。