5年来，该校在军事医学领域新组建了军事预防医学、高原军事医学、野战内科学、野战护理学等新军事医学学科，启动了高原常见病、军事心理学、化学复合伤、新武器生物效应等新的研究领域，形成了从理论、技术到装备完整配套的，以高技术战争创伤救治为重点的军事医学创新体系。同时，多方筹资用于基础生物学科建设，已形成了分子免疫、数字化人体数据库、神经系统发育与再生等优势研究领域；先后启动了生物信息学、皮肤和骨组织工程、基因敲除等前沿领域的研究，“十五”期间全校共中标国家自然科学基金各类项目456项。此外，开展临床新业务、新技术300余项，尤其是肝移植联合胰腺十二指肠切除术、关节镜系列微创手术、脑深部电刺激治疗帕金森氏病的临床应用、PET在新生儿缺血缺氧性脑病中的诊断等居国内领先水平。

　　学校初步形成了以国家重点实验室为中心，全军、重庆市重点实验室（研究所）为主干、校级重点实验室为补充的科技创新平台体系。同时，与国内、军内等多个单位进行跨学科攻关，并与15个国家的20多所大学、研究机构建立了广泛的合作交流关系。

　　在科技成果转化方面，三军医大5年来先后有66项新药课题立项研究，乙肝治疗性多肽、幽门螺杆菌疫苗、N－乙酰氨基葡萄糖等3个拥有自主知识产权的国家Ⅰ类新药获准进入临床试验；5年中共申请专利187项，授权专利87项；推广战伤急救器材和多种诊疗器械120余套，自主研制的扫雷防护装具已列装部队，并被列为联合国维和扫雷行动的指定装备。

此前，生物通也曾对第三军医大的多项研究成果进行了报道，详细内容如下：

第三军医大建成全军第一个国家重点实验室

第三军医大学自主创新问鼎军事医学高峰纪实 

世界首只“数字猪”在第三军医大诞生

第三军医大为救治肝衰竭患者提供新途径