蛋白质组学经典分析系统[创新技巧]

对于蛋白质研究者来说，可能不会像在一片汪洋中钓鱼那样只能靠碰运气；但是对于从事蛋白质组学研究人员来说可能就是这样，因为想要满载而归并不难，难的是你想要的可能需要你跳下船去，从上百万的大比目鱼中找到一条非常非常小的小鱼，而且这样做的后果可能还是徒劳无功。这儿提出一个建议——采用一些近期在仪器和配件方面经受考验的系统，这将有助于重新恢复起对蛋白探索的激情。

目前研究蛋白质组的工作已经势不可挡，就像发表在2005年《Annals of Oncology》一篇文章所描述的那样：蛋白组学研究包括基因序列的“字母”、“词组”和“句子”——“但我们现在仅仅开始学习它的‘章节内容’（基因是如何转录的），而‘蛋白和代谢物’之书将等待着接下来几个世纪的人们来阅读。”

这并不夸大其词，不像相对静止的基因组，蛋白质组包含“有基因组表达而来的蛋白的集合与它们的同工异构体蛋白（isoforms）、蛋白多态性（polymorphisms）和转录后修饰”——这是发表在2004年《Journal of Physiology》 上的一篇文章的观点。除了这种动态的性质外，蛋白质组的低丰度出现也为研究带来了挑战，这种挑战令人畏缩不前，但也不是完全不能克服的。优化每一步研究流程，包括提高表达量、最佳化纯化条件和精细的分析，将会改善研究效率。

利用蛋白质组学方法开发的一些新仪器可以大部分地接管一些耗时的手工操作，为你的研究计划增加重复性和速度。这不仅仅有助于突破瓶颈，而且可以帮助你解放出时间来专注于分析工作。自动化装置，许多是小型化的形式，可以帮助你减少昂贵的试剂的用量和人力。对于纯化来说，考虑根据等电点来分离蛋白样品。或者可以选择电泳产品和液相色谱层析系统分离目的蛋白。

利用质谱或者其他鉴定方法的综合蛋白组系统不仅能节省时间，同时也能避免贵重样品的损失。纯化后的蛋白可以马上进入接下来的研究阶段。你可以根据不同的特点寻找不同的模型，对于复杂的蛋白来说，你可能会对进行质谱分析前将蛋白消化成多肽的系统感兴趣。安装的软件的特点可能也是你决定购买所要考虑的因素之一，保证软件包能运行你需要的分析类型。你也可以选择单机版软件。

以下的产品代表了一些市场上的佼佼者，当然研究蛋白不可能没有挫折，但是假如你决定跳下这片汪洋，这些救生船将会引导你驶向正确的方向。 　

  

生产厂家	GE（Amersham）	Bio-Rad	Invitrogen	Shimadzu Biotech
产品名	Ettan IPGphor	BioLogic LP low-pressure chromatography system	ZOOM®Benchtop Proteomics™ System	AXIMA-TOF2™ MALDI Mass Spectrometer
产品描述	Ettan IPGphor是一个完全一体化的电泳系统，可以快速、简便和高重复性的进行聚焦电泳。	Bio-Rad 公司的BioLogic LPlow-pressure chromatography system是一套纯化生物分子的理想系统。它具有高效、多功能、操作简单和适合低压情况下的应用。紧凑的设计使得占用冷库和实验台的最小的工作空间。	ZOOM®Benchtop Proteomics™ System是一种迷你胶的综合2-D电泳溶液。这种革新性系统包括样品分离的溶液相成分、一维和二维凝胶电泳所需的成分、完整的支持试剂和染料，和通用的供电电源。该系统使得无论是新手还是老手都能简易的进行灵敏的蛋白分型研究。	Shimadzu Biotech公司的新产品AXIMA-TOF2是MALDI CID MS/MS的下一代产品。能传送最大能量碰撞（CID能量为20keV），高灵敏度地释放信息，并且整合了新型的离子门技术，能进行高通量的先驱电子选择、尽管在复杂的大蛋白混合物存在的情况下，能简化TOF-TOF 的光谱和数据翻译。是一个多功能的无价系统。AXIMA-TOF2具有更多的灵活性，卓越的灵敏度和空前的简易性。

(生物通：亚历）

 

	蛋白质组技术讲座： 1、蛋白质组学研究中基于LC-MS流程的差异分析 内容简介：深入的蛋白质组学研究需要两条互补的实验工作流程：基于凝胶（2D/DIGE）的工作流程和基于液相色谱（nanoLC/MDLC）的工作流程。那如何对基于液相色谱的工作流程进行大家所关注的蛋白差异分析呢？答案就是DeCyder MS ，可轻松分析大量的LC-MS数据，能获取更多有价值的蛋白质消息；发现差异/ 优化LC-MS流程；进行蛋白质表达谱分析。详情欢迎收听。
2、荧光差异双向电泳DIGE（一）原理和应用 内容简介：荧光差异双向电泳DIGE被称为是凝胶差异蛋白质组分析的金标准，其独特的多重荧光标记的技术和带有内标的实验设计保证您所检测到的蛋白丰度变化是真实的，是唯一精确定量2D胶差异的技术，显著降低了重复实验和凝胶数量。欢迎收听DIGE的原理和应用。 3、荧光差异双向电泳 DIGE（二）扩展数据分析模块的多变量统计学分析 内容简介：如何以一种便于使用的形式给生物学家提供先进的统计学分析？DIGE软件的扩展数据分析模块就是针对蛋白质组研究的先进的解决方案。这种有用的分析工具将促进对调控途径的更深入了解，并帮助蛋白质组学研究人员更快更精确地识别区别于正常组织样品和疾病组织样品、以及不同疾病状态和样品类型间的差异蛋白质。