翁启惠院士芯片新方法进行转录组研究

生物通报道：来自加利福尼亚州La Jolla市Scripps研究院Skaggs生物化学研究所(Skaggs Institute for Chemical Biology at The Scripps Research Institute)的台湾学者翁启惠（Chi-Huey Wong）教授（1994年当选中央研究院院士，以及美国国家科学院院士和美国艺术与科学院院士）研究小组发展了一种新的在整个转录组中确定配体（ligand）RNA绑定特异性的DNA芯片技术。这一研究成果公布在8月4日的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。

转录组研究是功能基因组的重要分支，也是连接基因组结构和功能基因组其他分支蛋白质组、结构基因组的一个桥梁和纽带,更是基因网络调控研究的主要基础和层面。

在这篇PNAS文章中Wong等人提出了两种方法，第一种是将RNA绑定（RNA-binding）氨基糖苷抗生素（aminoglycoside antibiotics）妥布霉素（Tobramycin）共价的连接到磁珠上，将这些磁珠结合到人类肝脏mRNA上，经过洗涤和特异性绑定RNA，再洗涤，扩增，利用DNA芯片进行分析，这样研究人员获得了一些特异结合到妥布霉素磁珠上的基因。另一种方法，将氨基糖苷配体直接加到芯片杂交反应上，并且与未加入配体的实验对照组进行信号比较。

这些方法不用于传统意义的DNA芯片分析方法——因为这一数据读出是mRNA和配体之间直接的测量，而不是实验间接检测。这将有助于DNA芯片技术设计的思路的扩展和转录组研究的延伸。
（生物通：张迪）

原文：
Published online before print August 4, 2006
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 10.1073/pnas.0605264103
Evaluation of RNA-binding specificity of aminoglycosides with DNA microarrays 
[Abstract]

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