芯片扫描仪的选择[选购宝典]

假如你问一个研究人员选择芯片扫描仪（microarray scanner）的时候，主要考虑什么性能？他们很可能回答说：“速度和分辨率”，但是随着实验研究的展开，处理能力和易操作性也成为了选择的标准。

假如你问一个研究人员选择芯片扫描仪（microarray scanner）的时候，主要考虑什么性能？他们很可能回答说：“速度和分辨率”，因此不用感到奇怪生产厂商会在这些关键性能上下大功夫。从以下列出来的芯片扫描仪产品你就可以看到，在扫描芯片的速度和分辨率性能方面总是会出现一山还比一山高的情况。

然而对于许多研究人员来说，处理能力和易操作性渐渐也成为了他们挑选芯片扫描仪时的选择条件了，以下列出的扫描仪系统中，就可以看到带有small footprint单芯片处理（single-slide capability）的扫描仪——对于哪些需要调整单芯片或者双芯片的研究人员来说非常方便，与此相反的另一个方面就是可以同时处理48芯片的扫描仪。

扫描仪的易操作性很大程度上是通过软件实现的，尤其是你需要检查网格性能（gridding capability）的时候——没有什么比手动检查组成微阵列芯片中成千上万的spots是否处于网格的正确位置更让人感到挫败感和耗时的事情了。

　

产品描述

产品：aQuire 110V 

厂家：Genetix    

产品描述：来自 Genetix公司的aQuire是一种高分辨率的激光共聚焦扫描仪，用于芯片结果的快速扫描成像和分析。该系统具有标准的双重滤光器和激光，可同时获得Cy3™和Cy5™染料的结果和一些其他染料的结果。aQuire由于对PMT实时控制和对扩大信号的调整，使其具备了高灵敏度。AQuire还具有较好的灵活性，能对大范围的扫描面积和芯片类型（包括没有盖玻片的湿制备芯片）进行扫描成像。

　

产品： DNA Microarray Scanner 

厂家： Agilent Technologies

产品描述：技术上进一步提高使得扫描成为轻而易举的事情。在强大的工程学技术基础上和多年的芯片扫描仪市场的经验基础上， Agilent公司向市场投放了功能强大和全自动的扫描仪， 该新型的增强版的DNA 芯片扫描仪是市场上首个可以通读1” x 3”玻片的 48芯片扫描系统。并使用了Agilent公司的Extraction Software。行业中首个采用了动态自动对焦技术（Dynamic Autofocus），提高了灵敏度，与先进的分析软件结合使得你的实验结果更有说服力。

　

产品： GenePix Personal 4100A Microarray Scanner 

厂家： Molecular Devices

产品描述：GenePix Personal 4100A芯片扫描仪能满足你在基因组、蛋白组或者药物筛选的芯片研究中对灵敏度、通量、可靠性和灵活性的要求 。The GenePix Personal整合了连续扫描模型，使其 能降低研发和制造的成本而不会降低产品的质量和性能。GenePix Personal具有与GenePix 4000B相同的成像规格。你可以选择一个或者两个激光和多达八个发散滤光器，使得你经济地、灵活地进行各种试验。停止排队使用公用仪器吧。GenePix可以帮助你拥有自己的扫描仪。

　

产品： GeneChip® Scanner 3000 System (North America) 

厂家： Affymetrix

产品描述：GeneChip Scanner 3000在节省空间 、速度、出众的性能和降低scanner-to-scanner变异方面进行了先进地改进。戏剧性地改善了基因分析实验的通量和效率。该新型扫描仪提供了更准确的网格和更一致的scanner-to-scanner生物性能，改善了数据的完整性和研究人员之间数据共享，此外，GeneChip Scanner 3000能适应基因芯片技术的发展。与GeneChip Autoloader联用提供用户样品跟踪、温度控制和自动扫描等性能。该扫描仪与强大的计算机工作站一起销售，装备GeneChip® Operating Software (GCOS).软件。价格包含了一年的服务费用和升级费用。

　

产品： AlphaScan™ Microarray Scanner 

厂家： Alpha Innotech 

产品描述：AlphaScan™是一种紧凑的高性能芯片扫描仪。用于DNA, 蛋白,细胞和组织物芯片的成像和数据分析。 具有两种激发激光仪（532 and 635nm）, AlphaScan™具有高灵敏度、高准确度、动态范围线性 等特点，因此是芯片分析的理想工具 。这种扫描仪具有单个实验室用途的理想系统紧凑的工作台面，具有双重光谱成像满足所有标准的芯片操作要求多位置滤光器轮提高了应用的灵活性。

 

重要参数比较

　

	aQuire 110V	DNA Microarray Scanner	GenePix Personal 4100A Microarray Scanner	GeneChip® Scanner 3000 System (North America)	AlphaScan™ Microarray Scanner
速度	6.5min/ 10Microns Resolution	10 μm resolution，可同时进行 2-color 扫描 。 ，8 mins/ slide	6.5 mins/channel，全面积扫描，10 µm resolution	5½ minutes （2.5 µm pixelation，49种芯片）	8mins/ channel，10µm resolution
分辨率	5,10,20,30 微米	5 或 10 微米	调整范围为 5-100 µm	2.5 µm，1.5625 µm 像素	5, 10, 20, 40 µm
灵敏度	<0.1个荧光分子/平方微米	0.05发色团/平方微米	0.1 fluors/µm2 (Cy3 and Cy5)	<0.5 chromophore equivalents/µm2 (CPSM) （合适R-藻红蛋白分析的波长，信噪比为2:1，）	0.1 fluors/µm2 (Cy3 and Cy5)
软件	QScan, acquisition & Analysis Software	Feature Extraction Analysis software	GenePix Pro Microarray Analysis Software, Acuity Enterprise Microarray Informatics	Affymetrix GeneChip® Operating System v1.0 + GeneChip® Scanner 3000 High-Resolution Scanning Patch	AlphaScan Acquisition Software, SpotData Pro or ArrayVision™ 8.0 Analysis Software(optional)
扫描面积	最小1mm x 1mm,  最大22mm x 70mm	21.6 mm x 71 mm	22 x 71.5 mm		22 x 72 mm
激发波长	532nm, 635nm, 488nm (可选)	532 nm, 633 nm	532 nm和635 nm固体激光（solid state lasers）; 能量波动修正（power fluctuation correction）	532 nm, 200 µW	532 nm和635 nm laser

（生物通：亚历）