美1千万美元投入微生物测序计划

美国科学基金日前宣布，计划提供500万美元的经费用于资助一项与美国农业部的联合微生物测序计划。

　　

生物通报道：美国科学基金会日前宣布，计划提供500万美元的经费用于资助一项与美国农业部的联合微生物测序计划。

 

这项经费支持计划包括一些微生物的基因组高通量测序和开发能更广泛利用这些数据的技术。

 

这些靶标微生物将包括病毒、细菌、古细菌、真菌、oomycites、原生生物和对农业有重要影响的线虫。

 

这项研究将会探测微生物生物化学、生理学、代谢、发育和细胞生物学的新方面；微生物在复杂的生态系统和全球地质化学圈中的多样性和作用；微生物对农业和自然资源的生产力和可持续性的影响；微生物基因组的组织构成和进化；遗传信息的输送、交换和改变。

 

申请该项目课题的截至时间是2008年2月19日。

 

此外，近期，来自世界各地的研究人员也公布了多项有关微生物、病毒的测序研究成果。

科研人员测序抗性TB基因组

来自美国的研究人员报道说，他们完成了对一种具有广泛抗药性的结核菌菌株的基因组的测序工作。这些新数据将有助于人们治疗这些危险的疾病。LifeLab计划的负责人Carl  Montague博士表示，利用一种新技术，研究救人员在一周时间内完成了以上测序。LifeLab是由南非政府支持的一项生物技术项目。

 

在世界范围内，每15秒就有一人死于肺结核，每天有5000人因此丧生，仅2006年，就有200万人死于该病。结核是成年人最主要的传染病杀手，也是艾滋病毒携带人群死亡的最主要感染原因。它引起的妇女死亡率，比其它所有原因导致产妇死亡的总和还要高。每年，全球在结核方面的经济支出至少在120亿美元以上。

 

这项测序工作获得的完整的基因测序数据目前尚未被公开。之前有其它的结核菌种完成了测序，但研究人员却还不清楚这些新的结果能在多长的时间内带来新的诊断和治疗手段。世界卫生组织的肺结核防治部门主任Mario  Raviglione博士说表示，完成基因测序可能为人类打开了了解这些细菌的道路，但目前距离找到新的测试和治疗方法还很遥远。

一极端厌氧菌基因组测序完成

 Syntrophus aciditrophicus是一种极端厌氧菌，用以维持生命的食物非常简单，是为数不多的能够降解有机物脂肪酸的生命形式，在全球碳循环中发挥关键作用。最近加州大学洛杉矶分校的研究人员完成了其基因组测序工作，共鉴别出3169个基因。

大多数生命利用氧降解有机物获得能量，反应过程中产生的电子驱动储存能量的ATP生成。Syntrophus是极端厌氧菌，不能进行氧化作用，其电子流动方向与氧化作用中的电子传递方向相反，反应耗能、产生氢和甲酸盐（formate）。因此如果没有消耗氢和甲酸盐、产能的其它细菌帮助，Syntrophus不能生存。

Robert Gunsalus小组鉴别出几个Syntrophus参与反向电子转移（耗能）的基因，他们进一步打算研究这种机制。“如果我们能够弄清这种‘互养共栖新陈代谢’，也许就能提高从废物中获取的氢量，实现生物氢生产。”详细研究内容刊登于《PNAS》（DOI: 10.1073/pnas.0610456104）

口腔细菌基因组测序完成

 

弗吉尼亚联邦大学（Virginia Commonwealth）的研究人员已经测序了一种存在于人类口腔中并能导致感染的细菌的基因组。研究人员指出，从这种叫做streptococcus sanguinis的细菌基因组获得的发现将帮助研究人员更多地了解这种生物，并帮助人们研发出对付这种感染的处理方法和预防策略。

 

S. sanguinis如果进入到血液中，就会导致危险的心内膜炎。这项研究的结果刊登在4月的Journal of Bacteriology杂志上。研究发现这种细菌的基因组由240万个碱基对构成，比其他21个目前已经完成测序的streptococcal（链球菌）属细菌基因组大出177到590个kb。

 

研究人员还表示，他们的研究发现S. sanguinis具有相当丰富的表面蛋白质，这可能使它成为口腔中的一种主要寄居者和感染人类患者的链球菌。该研究组目前已经在着手确定这些表面蛋白是否能够成为疫苗或药物的靶标。(生物通雪花)