根据中国科学技术信息研究所的《中国科技期刊引证报告》(2007年版，1723种源期刊)，《生物多样性》2006年影响因子为1.639，在生物学类期刊中排名第一，被引频次为1077，位列生物学类期刊第十九位。

    根据中国科学技术信息研究所“2006年度中国科技论文与引文数据库(CSTPCD 2006)”统计结果，《生物多样性》荣获2006年“百种中国杰出学术期刊”称号。

    “百种中国杰出学术期刊”是根据中国科学技术信息研究所研制的“中国科技期刊综合指标评价体系”而遴选出的。该体系利用多项指标，如被引总频次、影响因子、即年指标、基金论文比、他引总引比等，对期刊分学科进行综合打分，其评定结果客观公正，是业界公认的比较全面和准确的期刊评价体系，自2002年已在全国期刊评比和国家自然科学基金委、中国科协择优资助期刊工作中得到多次应用。