生物通报道:来自美国系统生物学研究所和纽约大学的研究人员开发出一种能够分析和预测自由生活细胞如何在分子水平上对遗传和环境变化做出反应的模型系统。
这个叫做EGRIN(Enviromental and Gene Regulatory Influence)的模型系统使用了来自8个转录因子的基因组范围内结合位点分析的数据、以质谱为基础的蛋白质组学分析的数据、基因组结构的计算机分析和蛋白质进化研究数据。
这项研究的结果可能使研究人员能够利用很少的结果进行更为复杂的遗传工程操作。该研究的结果发表在本期的《细胞》杂志上。研究人员证实EGRIN能够将生物学过程与之前未知的分子关系联系起来。他们还证实,这个模型能够预测已知生物过程的新调节因子以及超过1900个基因如何对“新颖”的遗传和环境实验结果“负责”。
为了获得以上结果,研究人员对研究较少的嗜盐细菌NRC-1进行了研究。通过改变10种环境因子和32各基因,研究人员对这种细菌如何适应极端环境进行了深入细致的分析。他们分析了生长和存活显型并定量了mRNA静态和动态变化。
研究组的下一步研究计划时利用EGRIN模型分析更复杂的生活或网络,并利用该模型获得的信息来准确地对生物体进行再次的遗传改造。
研究人员表示,在EGRIN模型用于广泛的研究实践之前,还需要进行更多的研究,他们的研究只是证实他们能够对复杂生物系统如何工作有全面综合的了解。
系统生物学是分析基因如何通过巨大的相互作用网络来相互影响以及这些网络对刺激如何反应、如何适应新的环境和细胞状态。这个领域在过去的10年间因为描绘基因组系统技术的进步而获得了很大的发展。
通过结合这个领域的实验和数学研究成果,已经证实能够通过基因组分析来在较短的时间里获得整个生物体的一个功能和动态模型。这个领域之前的研究确定出了细胞组成和细胞成分如何相互联系。
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