第一张马类基因组图谱草图公布

　　

生物通报道：来自BETHESDA 2月7日的消息，国际马类基因组序列计划（the international Horse Genome Sequencing Project）宣布，科学家们首次完成家马（(Equus caballus)）的基因图谱草图，得到了270万个DNA碱基对的数据，全部数据已经进入公共数据库，可免费供全世界的生物学家和兽医学家使用。 

这一计划开始于2006年，共耗资1500万美元，由美国国家卫生研究院下属的国家人类基因组研究所（NHGRI）资助，计划10年通过一个国际性的研究团队，针对马类基因组信息研究马类健康等内容。

这一项目由麻省理工学院与哈佛大学联合研究院的Kerstin LIndblad－Toh博士为主要负责人。另外来自德国兽医大学（University of Veterinary Medicine）的Ottmar Distl博士和Tosso Leeb博士，以及Helmholtz传染研究中心（Centre for Infection Research）的Helmut Blöcker博士也对这一项目作出了许多贡献：提供了大约300,000个BAC（细菌人工染色体，Bacterial Artificial Chromosome）末端序列。

测序样本来自一匹名叫“黎明”（Twilight）的纯种马（见下），这匹马在康奈尔大学兽医学院，与一些被豢养了25年以上，曾经被挑选用于研究预防亲代免疫识别和哺乳动物怀胎期间胚胎致死机制的马群一起生活。研究人员取得它的血液制成样品用于测序。

（纯种母马“黎明” ，图片来自http://www.genome.gov/pressDisplay.cfm?photoID=20008）

除了马类基因组草图之外，研究人员也获得了一张马类遗传变异图谱，这主要是通过对多种现代马和古代马的DNA样本的DNA样品进行测序获得的，这些种类的马包括Akel Teke, Andalusian, Arabian, Icelandic, Quarter, Standardbred和Thoroughbred。这张图谱由一百万个单核苷酸多态性SNPs组成，将有利于研究人员以遗传变异的全基因组角度来识别基因的物理和行为差异，以及疾病易感性。其中有80多个已知的遗传条件与人类失序症相似，比如musculoskeletal, neuromuscular, cardiovascular和respiratory 疾病，这些数据可以从www.broad.mit.edu/mammals/horse/snp和www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP获得。

在未来的几个月里，研究人员计划进一步提高这一基因组草图的精确性，并且比较马和人类的基因组，这将有助于更深入地了解人类基因组，并为研究各种马类疾病提供有力的工具，另外研究人员也计划出版马类基因组序列分析以及注释。
（生物通：张迪）

附：
Horse Genome Project

The International Equine Gene Mapping Workshop began in 1995 and is conducted by the Dorothy Russell Havemeyer Foundation. In 1997 the Horse Technical Committee of the National Research Sponsored Projects-8 (NRSP-8) of the United States Department of Agriculture National Animal Genome Research Program (USDA-NAGRP) was formed. These programs work in concert to foster international collaboration in the field of horse genomics. 

This page describes resources for genomics research as well as some of the accomplishments by scientists working on horse genomics. This website is supported, in part, by funds from the USDAS-CSREES National Animal Genome Research Program through National Research Sponsored Projects-8 (NRSP-8) and the Dorothy Russell Havemeyer Foundation, Inc.