10篇文章寻找生物芯片金标准

　　

生物通报道：DNA芯片的盛行是无可质否的：斯坦福芯片数据库（Stanford Microarray Database）中18亿的数据点（data points）是不会说谎的。但是目前仍然缺乏一种包含从RNA准备，到探针设计，再到数据分析在内的所有过程的标准和质量控制尺度，缺乏这些标准已经引起了芯片制作分析的一些问题，至少是在基因表达分析中的一些前后不一的结果。

然而这些技术上的问题也许就要得到终结了，由美国食品药品管理局FDA的华人科学家石乐明（Leming Shi，毕业于湖南大学，中国科技大学获得硕士学位，中科院化学所获得博士学位，简介见下一页）领导的研究团队去年向《Nature Biotechnology》呈递了10篇研究文章，提出了一个标准项目：芯片质量控制（MicroArray Quality Control，MAQC）计划。

MAQC相关的文章中有一系列批评性文章，提出了对芯片可靠性和重复性的质疑，在一篇尤显责备性的文章中，美国国立糖尿病，消化，肾疾病研究所的Margaret Cam和他的同事用三种商业芯片系统分析比较了两个基因表达谱。在2009个分析的基因中，只有4个被三个系统识别为区别表达。

这项计划有三个基本目的：

筛选和大量收集公众可利用的标准RNA样品；
利用八种芯片和三种可选择的定量基因表达平台收集replicate datasets；
最后分析这些数据获得一个标准。

MAQC的这些文章出版之后，现在任何实验室都能利用这些标准RNAs（可以向Ambion和Stratagene购买），也可以利用文章中的图片检查各自的研究结果。同时这些Core facilities可以为相关研究人员的工作提出证明，技术研发人员也有了比较性的标尺，各个实验室也可以直接进行统计方法，图像设置等方面的比较了。而且研究人员利用外源RNA对照（External RNA controls，ERCs)协会研发的spike-in控制可以spot-check每天的操作。

当然这并不意味着标准就能单独解决许多数据问题，但是有了这一标准可以为我们理解观测差异性（observed differences）提供一个框架，就像美国国家标准局（National Institute for Standards and Technology）基因表达项目主任Marc Salit所说的那样，“有了这些标准，我们就能研究为什么有些情况是变动的，因为我们能控制这一过程中的一些部分。”
（生物通：张迪）

附：
石乐明 

Dr. Leming Shi

CURRENT EMPLOYMENT

Computational Chemist, NCTR/FDA, April 2003 – Present
Responsibilities: Microarray quality control, chemoinformatics, bioinformatics, and systems toxicology

EDUCATION
· Ph.D. in Computational Chemistry (1991), Chinese Academy of Sciences, Beijing, China. 
· M.Sc. in Computational Chemistry and Chemometrics (1988), University of Science and Technology of China, Hefei, China.
· B.Sc. in Analytical Chemistry (1985), Hunan University, Changsha, China.

EMPLOYMENT HISTORY
· Chipscreen Biosciences, Ltd., Shenzhen, China. Co-founder and Director of Informatics (5/2001-4/2003). 
· BASF Corp, Princeton, New Jersey. Senior Scientist (7/2000-5/2001). 
· American Home Products Corp. (now Wyeth), Princeton, New Jersey. Senior Research Chemist (8/1999-6/2000).
· R.O.W. Sciences, Inc. at the NCTR/FDA, Jefferson, Arkansas. Computational Chemist (12/1997-8/1999).
· National Cancer Institute, NIH, Bethesda, Maryland. Visiting Fellow (9/1995-12/1997).
· Case Western Reserve University, Department of Chemistry, Cleveland, Ohio. Research Associate (8/1994-9/1995).
· Chinese Academy of Sciences, Institute of Process Engineering, Beijing, China. Assistant and Associate Research Professor (7/1991-8/1994).