酵母蛋白质组的蛋白结构预测

　　

生物通报道：如果掌握了所有蛋白的三维结构，不仅能从整体上而且能够从分子水平了解蛋白－蛋白相互作用的信息，与此相似，结构信息也能够反应蛋白进化的相关性和功能。即便是一个生命体蛋白质组中所有蛋白质的信息，也能够从整体上更好地反应这些相关性。可是，逐个解决每个蛋白的结构似乎是项浩大的工程。

本周最新开架阅读杂志《PLoS Biology》一篇文章介绍，Lars Malmstrm和David Baker等对模式生物酵母的所有蛋白质进行了精确测定。研究人员将酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）的所有蛋白大约分为15，000个不同domain（蛋白的regions被折叠为一个独特的四个一组的球型结构），然后应用他们的de novo结构预测方法和世界通用的计算方法，对与结构已知的蛋白的序列没有相似性的所有区域的三维结构进行分析。

为了克服de novo预测法中的不确定因素，Lars Malmstrm等将预测结果与之前研究总结出的蛋白生物过程、功能和位点的数据进行比对，将domain分配到具有进化相关性的蛋白家族中。这些基因组范围内的domain预测和超家族分配，为提出以实验为基础的、关于大量的酵母蛋白运动机制的假说打下了基础。（生物通记者 小粥）

注：de novo测序是指在没有蛋白质序列数据库辅助基础上完成缩氨酸的测序。