生物通报道：制作蛋白芯片的每个步骤——表达、纯化和固定（immobilization）都会添加一层实验复杂性，每个方面都需要最优化过程以保证质量，因此哈佛蛋白组学研究所主任Joshua LaBaer说我们需要更好的制作途径。

LaBaer小组的解决办法是“核酸编程的蛋白列阵”（nucleic acid programmable protein array，NAPPA）。编码GST融合蛋白的cDNAs，在列阵上沿着识别GST的抗体排列，经过无细胞的转录和翻译过程后，得到的蛋白被抗体捕获，形成蛋白列阵。据LaBaer说，NAPPA简化了他们的研究过程。“不需纯化蛋白——只要纯化DNA。所以它非常简单，印记我们得到的样品的成功率为95－96％。我们做蛋白－蛋白相互作用时，得到了有意义的相互作用，而非一大堆假阳性。”最初的芯片局限于体积。目前，LaBaer与其同事已经设计出有2000个特征的NAPPA列阵，并有望很快突破这个数字。

其它技术更神，甚至绕过了DNA沉淀一步。剑桥Babraham研究所Michael Taussig  发明的蛋白原位芯片（protein in situ array ，PISA），目的蛋白cDNA与编码多聚组氨酸的序列一起被放大，蛋白能够被Ni包被的亲和表面捕获。最近，德国海德尔堡癌症研究中心的Philipp Angenendt将PISA原理利用到一个微列阵结构上，将无细胞条件下、利用未经纯化的PCR片段生产组蛋白标记蛋白的技术与其实验室发明的多点阵技术（multiple spotting technique ，MIST，生物通编者译）结合在一起。MIST自动精确、连贯地向特定位点添加整排试剂。结果，每个转录/翻译反应被限定在一个微小的、亚纳升（sub-nanolitre，生物通编者译）小滴上，密度大大提高——现在能达到13000个点。“妙处在于蛋白表达仍处于液态环境中，” Angenendt说，“结构应该同固相沉淀形式得到的一样完整。”

Angenendt和LaBaer目前都在对他们能的过程进行改进。“我们正在大规模筛选，进行生物标记和蛋白相互作用的研究，” LaBaer说，“得到了一些似乎很有希望的初步的酶数据。”