《科学》焦点：蛋白-DNA相互作用图谱

　　

生物通报道：来自斯坦福大学医学院遗传学系，加州理工大学的研究人员发展了一种高通量大规模染色质免疫沉淀分析（Chromatin immunoprecipitation assay ，ChIPSeq）方法，获得了体内蛋白-DNA相互作用全基因组图谱，检测了体内神经限制性沉默因子（neuron-restrictive silencer factor，NRSF）在全基因组中的结合情况，为全基因组蛋白-DNA相互作用研究提出了新方法，也为研究调控胰岛（pancreatic islet）细胞发育的基因网络提供了新的资料。这一研究成果公布在《Science》快讯上。

原文摘要：
Published Online May 31, 2007
Science DOI: 10.1126/science.1141319
Genome-Wide Mapping of in Vivo Protein-DNA Interactions 
[Abstract]

我们体内细胞众多的基因中，只有那些表达的基因使我们成为现在这个样子。特定的蛋白通过结合DNA上的关键位点——包含遗传信息的核酸，调节基因表达。这些蛋白是怎样识别特定结合位点的？蛋白结构和DNA结构的改变，是否通过结合位点内的DNA纽结或急剧弯曲使得DNA－蛋白紧密结合？为了回答这些问题，许多科学家们从宏观面——体内蛋白-DNA相互作用图谱入手。

在这篇文章中，研究人员发展了一种基于直接超高通量DNA测序（ultra-high-throughput DNA sequencing）的大规模染色质免疫沉淀分析（Chromatin immunoprecipitation assay ，ChIPSeq）方法，将这种测序普查方法用于体内神经限制性沉默因子（neuron-restrictive silencer factor，NRSF，也被称为REST，抑制元素1沉默转录因子，repressor element-1 silencing transcription factor）与人类基因组中1946个位点的结合作图，研究人员得到了高结合位点分辨率[±50 base pairs]的体内蛋白-DNA相互作用图谱。

（ChIPSeq方法研究全基因组范围内高分辨率获得NRSF/REST 蛋白-DNA结合）

这张图谱能帮助我们更方便发现结合结构域，以及辨认已确认的NRST结合位点，同时，这些ChIPSeq数据的高灵敏性和高特异性对于注解新的候选相互作用也具有十分重要的意义，除此之外图谱也包含了调控胰岛（pancreatic islet）细胞发育的基因网络中关键的转录因子。
（生物通：张迪）