改善蛋白组学研究图像分析的新软件

　　

生物通报道：对双向电泳（2DGE）等蛋白分离实验的图像进行分析不仅耗时，而且经常丢失样本或得出假阳性结果。上周在伦敦举行的AngloNordic Biotech Conference IV会议上，瑞典Ludesi公司CEO Ola Forsstrom-Olsson宣布这种现状将有可能得到改善，其公司已经获得了解决这些问题的办法，以便其公司的pay-per-image服务能够节约研究时间，得出有复验性的结果。

尽管双向电泳早在上世纪70年代既已出现，但目前依旧是破译复杂物质生物分子组成的最常用工具之一。然而，自动成像分析存在缺陷，手动分析耗时且需要工作经验。

蛋白组学研究人员对电子图片分类整理，利用Ludesi软件将分析结果按需要剪裁，然后Ludesi公司按客户要求进行工作。工作结果可以从网上下载，利用Ludesi公司相关软件检查结果。Forsstrom-Olsson说这比研究人员自己做要快得多，Ludesi公司只需几天，研究人员则需花费数周时间。

双向电泳成像分析的另一个主要问题是缺乏严格的分析方法，因此结果存在可变性。Ludesi公司研发小组采用他们惯用的分析方法，Forsstrom-Olsson称其为该产业的高精确水准。对成像分析的各个阶段进行质量监控，能够降低出错率。Ludesi认为实验的最终结果将明显证明，与其它分析方法相比，蛋白表达水平明显上升2－3倍，假阳性发生率大批下降。

Steven Elliott与其约翰霍普金斯大学同事进行了一次独立研究，他们将图片送到Ludesi公司，然后将分析结果与Ludesi软件竞争对手（GE Healthcare 的Decyder 5.01和Nonlinear Dynamics的两种产品）的自动和手工分析结果进行对比。实际上，利用后面三种软件进行的分析是由Nonlinear研究人员完成的。

Elliott说，基于点检测匹配和分割，Ludesi的血浆凝胶分析最精确，这将改善双向电泳跟踪蛋白变化的能力。研究小组认为，Progenesis分析的手工编辑是观察双向电泳所必需的，有不同浓度和点阵的复杂血清凝胶为Progenesis SameSpots alignment增加了难度。Forsstrom-Olsson表示他希望将公司的服务扩大到蛋白组学数据分析的其它领域。（生物通 小粥）