生物通报道：来自美国加州大学旧金山分校药理化学系，得克萨斯农工大学（Texas A&M University），Albert Einstein 医学院的研究人员利用一种变通的分子对接方法（一种用来寻找潜在药物的计算机辅助的模拟方法），设计出一种根据结构来预测某种具有未知活性的酶的功能的方法。如果这一新方法也适用于其他酶，那么就可以作为一种有力工具确定关键的酶在体内是如何发挥作用的。这一研究成果公布在《Nature》封面上。

原文检索：
Nature 448, 775-779 (16 August 2007) | 
doi:10.1038/nature05981; Received 24 January 2007; Accepted 7 June 2007; Published online 1 July 2007
Structure-based activity prediction for an enzyme of unknown function
[Abstract]

寻找某种蛋白质的空间结构，首先应该查询蛋白质数据库 HPDB 或 PDB，即查询是否已经有人做过该蛋白质的空间结构测定。 HPDB 或 PDB 中只存储至今人们已知其空间结构的蛋白质，数量占生物体中存在的各种蛋白质的很小部分。由于资金和技术等方面的问题，人们尚不知道许多蛋白质的空间结构。 对于这些蛋白质，结构预测是获得其空间结构的很好办法。

如果已经拥有蛋白质一级结构序列，无论是由蛋白质测序仪直接测定得到氨基酸序列，或是由基因序列通过遗传密码翻译推测得到氨基酸序列，都可以利用蛋白质结构预测软件（服务）对该蛋白质的三维结构进行预测。 尽管预测本身有一定风险，但总比一无所知要好得多。蛋白质结构预测技术已经取得了很大进步，每种预测方法都是根据特定的规则进行合理的预测 ，具有一定的可信度。

目前预测蛋白质结构的方法可分为三大类：

同源建模——目标序列与模板序列比较，按照模板序列的空间结构，经过优化，产生目标序列三维结构；
　 
折叠识别——预测二级结构，预测折叠方式，参考其它蛋白的空间结构，产生目标序列三维结构；
　 
从无到有——单个氨基酸形成二级结构的倾向，加上各种作用力力场信息，直接产生目标序列三维结构。 
同源建模方法目前被认为是最精确的方法。同源性大于50％时，结果比较可靠；30～50％之间， 其结果需要参考其它蛋白的信息。同源性小于30％时，人们一般采用折叠识别方法。同源性更小时，从无到有法更有效。

在这篇文章中，研究人员利用一种变通的分子对接方法对热海栖热袍菌（Thermotoga maritima，一种嗜极端高温的厌氧细菌）的未知功能酶Tm0936进行了预测，对接实验预测，它将使5-methylthioadenosine和S-adenosylhomocysteine去胺化；这一点已在化学上、并从与一个反应产物相结合的该蛋白的X-射线晶体结构得到了证实。这种酶没有与已知的腺苷胺化酶相似的明显序列，甚至它所参与的通道似乎也是新颖的。如果这一新方法也适用于其他酶，那么它应当成为一种有力工具，来确定关键的酶在体内是如何发挥作用的。
（生物通：万纹）

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