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斯坦福大学推出免费的蛋白组学数据库[创新技巧]

【字体: 时间:2008年12月08日 来源:生物通

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斯坦福大学医学院病理学和遗传学的助理教授Arend Sidow博士花费6年时间,开发出一套新颖的生物信息学工具-ProPhylER。它能够指导人们确定不同蛋白在生物体中的作用。

参加2008生命科学十大创新产品评选,了解最IN的产品和技术!

斯坦福大学医学院病理学和遗传学的助理教授Arend Sidow博士花费6年时间,开发出一套新颖的生物信息学工具。它能够指导人们确定不同蛋白在生物体中的作用。

ProPhylER (http://www.prophyler.org)能帮助研究者更轻松地指出蛋白是如何作用的,或者在基因突变时指出它的问题。“无论你是一个细胞生物学家、生物化学家或结构生物学家,ProPhylER都能就蛋白的功能域生成假说。”Sidow表示。

众所周知,蛋白质是由氨基酸分子组成的长链。蛋白质一旦生成,就立刻折叠成独特的形状,来决定它的活性。因此,在折叠蛋白质的某些关键区域,需要特异的氨基酸;而在其他氨基酸的交换似乎影响不大。

物种的进化经历了几亿年,蛋白质也是如此。然而,某些东西还是会恒定不变。进化对于蛋白分子的关键位置来说,承受了更多的限制。如果改变影响了蛋白功能,这种不幸的生物有可能会面临绝种;如果没有,这种生物会不断繁殖,蛋白变异体流传至今。

仅仅通过蛋白质的氨基酸序列,你根本无法得知哪些区域属于“商业区”,而哪些是寂静的村庄。但是,ProPhylER通过与其他物种的相同蛋白进行比较,向生物学家展示了蛋白质的哪些部分是活性必需的。这对那些了解甚少的蛋白质来说尤其重要。

遗传学家也将得益于ProPhylER(它的全称是PROtein PHYLogenetics and Evolutionary Rates)。我们每一个人都携带了好几万个蛋白变异体,其中有一部分影响了蛋白功能。对于研究者来说,通过实验来测定突变对于蛋白功能的影响是非常困难的。ProPhylER根据进化变异,能预测出突变对于蛋白功能的影响。

在用户搜索了他的目的蛋白之后,ProPhylER网站会通过两种界面显示数据。第一种是以图表的形式显示进化数据。第二种则成为“晶体画家(Crystal Painter)”,在蛋白的三维结构图上绘制出进化限制程度。这样,一眼看去就知道蛋白质的哪个部分是功能所必需的。

Sidow说:“没有其他的蛋白质组资源能实现这个。”

(生物通 余亮)

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