蔷薇科水果基因组将测序

　　

生物通报道：来自美国华盛顿州立大学和华盛顿大学的研究人员成为测序蔷薇科水果的基因组计划的先锋部队。

 

华盛顿州立大学的农业研究中心将为这项研究计划提供启动基金。该计划的目的在于获得蔷薇科水果——苹果的基因组序列草图。其他蔷薇科水果还包括樱桃、桃子、草莓、黑莓、玫瑰和坚果类。

 

华盛顿州立大学目前已经建立了蔷薇科国际数据库。华盛顿州立大学的生物信息学副教授Dorrie Main表示，汇总苹果基因组序列数据和桃、草莓等基因组数据将有助于世界各地的植物研究团体最大程度地利用这些数据，并进一步提高华盛顿州立大学作为植物科学领域领导者的声誉。

 

这个序列中基因功能的生物信息学预测奖加速开发能够用于改良水果作物的功能标志物。

 

华盛顿大学的微生物学副教授Roger Bumgarner的实验室将会进行测序工作。他的实验室最近已开始使用454公司的新一代基因组测序仪设备。

 

来自这两个大学的研究人员增在确定来自意大利、法国、新西兰和南非的最终合作机构。这项计划还得到了华盛顿果树委员会的资助。

 

另外，此前美国研究委员会（NRC）在一项报告中称，以通过基因组学研究来探索植物秘密的NPGI计划应该拓展其测序能力，并且努力开发出表观基因组学和其他所谓的“omics”（生物组学，生物通注）学科的新工具。

 

这项由植物遗传学和其他领域的12位专家委员所准备的报告回顾了十年美国基因组学研究计划的成果，并且给出了将来研究的方向和目标。

在这些建议中，12专家呼吁扩大植物基因组测序、植物相关微生物测序、植物相关宏基因组（metagenome）测序和相关高质量注释。（宏基因组（Metagenome）是特定环境或共生体内所有生物遗传物质的总和，是一种不依赖于人工培养的微生物基因组分析技术。宏基因组方法很大程度上依赖于提取DNA的纯度，大片段DNA的成功克隆也是宏基因组方法的关键。生物通注）

为了满足这个要求，这项报告还建议NPGI能够拓展其与DOE联合基因组研究所得现有合作关系，并且能够让研究人员接触合利用新一代测序技术进行基因组学和宏基因组研究。

 

该报告还鼓励开发一些仔细选择的植物种类的高精度“omics”资源以及一些传统物种的更宽或更窄水平的数据资源。

 

其他的建议包括使用系统方法来提高美国在重要农作物和树种方面的竞争力，集中研究植物进化，并且将所有这类研究归为植物改良计划。（生物通雪花）