基因表达谱和基因分型研究的完美技术平台: Affymetrix系统[新品推荐]

【字体: 时间:2005年01月04日 来源:彭永济

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    基因芯片技术是90年代中期以来影响最为深远的重大科技进展之一,是融微电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学为一体的高度交叉的新技术,具有重大的基础研究价值,又具有明显的产业化前景。作为芯片业界领头羊的Affymetrix芯片产品,以其卓越的品质,受到了广大科研工作者的青睐。自1993年以来,世界各地采用 Affymetrix GeneChip技术平台发表的论文高达2700多篇,其中包括《Science》45篇,《Nature》24篇,《Cell》16篇。最近,Affymetrix公司的 The GeneChip System 3000Dx (GCS 3000Dx)系统通过了欧盟CE认证,成为世界上第一套被批准用于临床诊断的芯片系统,同时由于芯片技术的独特优势和产品的卓越表现,Affymetrix公司在全球基因芯片生产厂家中第一家通过了ISO国际标准认证。

Affymetrix基因芯片技术特点
--- GeneChip® 独特的原位光刻技术,定量分析、重复性好
--- GeneChip® 独特的PM-MM探针专利设计,有效解决芯片非特异杂交问题,真正提高检测的灵敏度和特异性
--- GeneChip® 表达谱芯片独特的每一个基因多段25mer探针设计,有效区分同源序列,极大提高检测的特异性和准确性
--- GeneChip® Genotyping芯片对每个SNP位点进行40次独立的检测,保证检测的准确性
--- 单色荧光信号适于多张芯片结果的灵活比较,降低用户成本
--- 强大的网上数据分析功能,为后续功能研究提供有力保障

Affymetrix丰富的芯片种类
--- 表达谱芯片,应用于多种模式生物全基因组的表达谱研究
包括人、大鼠、小鼠、犬、斑马鱼、爪蟾、果蝇、疟原虫/按蚊、线虫、酵母、拟南芥、大麦、葡萄、大豆、大肠杆菌、绿脓杆菌、枯草杆菌、金葡球菌;水稻、小麦、鸡等20余种生物,是目前覆盖物种范围最全的基因芯片平台。

--- Genotyping芯片,应用于人类全基因组的单核苷酸多态性(SNP)研究
利用Affymetrix人类全基因组SNP芯片,仅需250ng起始DNA,一条引物,一次PCR反应便可获得10000 - 100000个SNP位点的信息。独特的芯片设计保证了99.96%的高重复性。

--- 测序芯片
Affymetrix推出一系列DNA测序芯片:为罗氏制药度身定做的CYP450药检芯片;用于肿瘤机制研究的人类线粒体编码区测序芯片;还开发出SARS测序芯片,18种病原体检测芯片,健康检测型芯片p53、HIV…

---客户定制芯片
根据用户实际需要,量身定做特殊用途的芯片,提交序列后60个工作日即可完成芯片的设计、制备和检测

--- 即将推出的全新概念芯片
Splicing Variants GeneChip:可变剪切子芯片,探究更真实的基因事件
Whole-transcriptome GeneChip:转录组芯片,真正做到全转录组研究

Affymetrix基因芯片操作平台—— 1套系统,便可完成多物种的表达谱分析、人类SNP分析、高通量测序分析

---专用芯片杂交箱 Hybridization Oven 640
---全自动洗涤工作站 Fluidics Station 450
---高分辨率芯片分析检测系统(GeneChip Scanner 3000)

Affymetrix配套软件
GeneChip® Operating Software (GCOS),Version 1.2 ——实现完全的仪器控制、准确的数据分析和完整的数据管理功能。
Affymetrix Data Mining Tool(DMT),Version 3.0 ——GCOS 获得数据之后,交给DMT,为表达谱芯片提供高级数据分析
Affymetrix GeneChip DNA Analysis Software(GDAS),Version 3.0 ——GCOS获得数据之后,交给GDAS,为测序芯片,SNP芯片提供高级数据分析
Avadis(Strand Genomics公司生产,表达谱高级数据分析软件)——

  • 提供动态交互的可视操作界面,可同时打开并观察多个数据

  • 提供多种统计学检验工具: paired and unpaired T-test, Mann-Whitney tests, One-way and two-way ANOVA, Repeated Measures tests, and PCA.

  • 多种公认的聚类分析方法:k-means clustering, Hierarchical, Self-organizing maps, Random Walk, and more
    建立多种图形:2D和3D散点图,直方图,信号通路图,功能分类图

  • 提供多种注释信息: GO browser, PubMed Correlation Matrix and Pathway viewer.

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