基于微阵列的比较基因组杂交（aCGH）已经成为研究肿瘤和其它基因异常中DNA拷贝数变异的公认技术。 虽然aCGH最好用新鲜冷冻组织中的DNA，但经常只有福尔马林固定的石蜡包埋（FFPE）组织样品可供使用。 因为FFPE样品经常发生降解和交联，用常规酶法标记得到的aCGH数据质量常常比较差。

鉴别FFPE和新鲜冷冻样品中的相同变异

    FFPE样品是对人体肿瘤进行大规模回顾性研究可采用的最大生物档案资源，但要从降解的DNA中得到高质量数据一直非常困难。我们用ULS非酶标方法，对同一样品的FFPE和新鲜冷冻组织进行检测和鉴别，得到了一致的变异结果(见图2)。另外，我们还检测了1年、4年和10年的乳腺癌FFPE蜡块，进行人上皮受体2 (HER-2)癌基因的复制， 结果是所有三个样品都可以确认(见 图3)。

图 2.对同一肿瘤的新鲜冷度组织和FFPE组织块进行染色体变异分析显示出相同的变异。分析采用安捷伦CGH分析软件版本3.4 左1，2为乳腺浸润性导管癌，1为冰冻乳腺染色体9，2为FFPE乳腺染色体9；右3，4结肠腺癌，3为冰冻结肠染色体18，4为FFPE结肠染色体18

图 3. 从10年以上的FFPE乳腺癌样品中检测到普通HER-2基因的复制

新机遇

    实验表明，用ULS非酶标 安捷伦寡核苷酸 aCGH 平台，可以从明显降解的FFPE组织DNA中得到高质量的数据。 另外，还可以从取自相同肿瘤的FFPE块和新鲜冷冻组织提取的DNA中，检测出相同的复制和缺失。 还可以很容易地分析生物档案资源，如我们对10年的乳腺癌FFPE样品HER-2基因复制所进行的鉴定。

    用ULS非酶标法，经过一定时间的处理，花费少量经费，对存档的病理标本进行常规分析，从而可以进行大规模回顾性肿瘤研究。 如果需要进一步了解这项技术，请阅读近期的应用报告(5989-7120EN)。