中科院发现上百microRNA文章登PloS ONE

　　

据报道，在中国科学院北京基因组研究所于军研究员的指导下，俞晓敏、周青、蔡亦梅所在小组建立了一套基于Srnaloop及已知动物pre—miRNAs结构特征的miRNA的预测体系；同时，利用miRNAs克隆鉴定平台，对家蚕14个发育时期的miRNAs进行克隆鉴定。利用计算预测结合克隆测序的方法，一共鉴定了118个保守的家蚕miRNAs和151个新的miRNAs。对118个保守的miRNAs分析后发现，有6对进化上保守的miRNAs簇；同时发现，Dicer的不精确和选择性剪切可能赋予miRNAs新的功能。对克隆到的miRNAs在14个家蚕发育时期分布进行分析，发现家蚕四龄蜕皮期miRNA的表达种类和数量上均多于其他发育时期，进一步利用Stem—loop RT PCR分析表明，部分保守的miRNAs在该时期表达量变化比较剧烈，提示miRNAs在家蚕蜕皮期可能起着至关重要的调控作用。在对15个保守的家蚕miRNAs进行表达量分析后，发现其中的8个miRNAs表达量在不同的发育时期变化明显，结合靶基因预测的结果以及家蚕发育阶段的特点，筛选并分析了部分miRNAs的靶基因及其在家蚕发育过程中可能的作用机制，为系统的发掘和阐明miRNAs在家蚕发育过程中的调控机制研究提供理论依据。 

目前，该小组正在结合家蚕新公布的精细基因组数据，对家蚕miRNAs进行深度挖掘；同时，基于前期的研究结果，开展miRNAs在家蚕蜕皮期调控机制的研究。该课题将作为我所正在进行的转录组学研究的一个重要组成部分，并为转录组学后续的功能学研究建立良好的技术平台。

MicroRNAs (miRNAs)作为转录后基因表达的一个重要的调控因子，参与了包括发育、代谢、疾病的发生等各种重要的生理过程。家蚕基因组的测序完成为在全基因组水平鉴定家蚕miRNAs以及与其他昆虫进行比较基因组学研究提供了契机。 

相关论文在近期《公共科学图书馆·综合》（PLoS ONE）杂志发表

原文摘要：The Silkworm (Bombyx mori) microRNAs and Their Expressions in Multiple Developmental Stages

于军

中国科学院北京基因组研究所教授、博士生导师

中国科学院计算技术研究所客座教授、博士生导师

浙江大学沃森基因组科学研究院教授、博士生导师

研究方向：

组建多系统生物学或称基因组生物学研究平台，从不同物种的基因组（全部基因）入手，在基因组水平上（具有整体和普遍意义的变化）理解基因组信息，设计生物学实验，建立研究基因组生物学的方法和手段，研究具有普遍意义的基因生物学基本规律。研究的范围包括如下几个方面：（1）基因组组分动力学（包括原核生物与真核生物在内的基因组组分在以基因为单位时的变化规律）；（2）基因产物的识别方法和动态测定，用于研究基因产物的表达规律和相关性，进而揭示基因的生物学功能和在生物系统中的意义；（3）基因与基因组的变异或称多态性及其遗传规律；（4）物种基因组进化的分子机制与具有普遍意义的规律。

目前的研究课题包括：（1）通过基因组组分的信息分析与数据处理，揭示生物信息编码系统的规律、演化和关系；（ 2）揭示基因表达、基因组多态性与物种进化、物种化、动植物家养化的关系 ( 如杂交优势产生的分子机理 ) ；（3） DNA 变异的规律（基因与转录子）与分子机制（复制与 DNA 修复）的关系；（4）人类基因组的功能注释（如超大基因的功能研究、重叠排列基因的发生与调控、与免疫和代谢相关基因的变异及规律）；（5）有花植物基因组的演化（现代多倍体、古多倍体、基因组重复、基因的串联重复