最新12.0版micoRNA数据库9月发布

　　

2008年9月1日，Sanger microRNA序列数据库（miRBase）发布了史上最大规模的升级。最新版本V12.0报道了8273条成熟microRNA序列，相比于11.0版新增2062条miRNA序列信息。

 

新版本共新增15个物种，包括：10个果蝇物种（共计764条microRNAs），Ornithorhynchus anatinus（鸭嘴兽）（331条），Solanum lycopersicum（番茄）（30条），Tribolium castaneum（赤拟谷盗）（45条），以及两种多瘤病毒，BK polyomavirus（BK病毒）（1条），JC polyomavirus（JC多瘤病毒）（1条）。

 

此次miRNA序列信息增加最多的3个物种为：Pan troglodytes（黑猩猩）（新增495条），Ornithorhynchus anatinus（鸭嘴兽）（331条），Gallus gallus（红原鸡）（326条），占据了近60%的新增序列信息。人和几种模式生物的miRNA序列信息也有显著增长，Homo sapiens（人）（新增17条），Mus musculus（小鼠）（16条），Arabidopsis thaliana（拟南芥）（3条），Oryza sativa（水稻）（84条）。

 

新增序列中的许多信息，包括一些新增物种的序列信息，来自于科研人员使用LC Sciences创新的µParaflo^®微流体检测平台进行的研究^{1, 2}。同时LC Sciences提供的定制微阵列也成为了发现新型ncRNAs³和验证预测ncRNAs⁴的有效实验策略。

 

LC Sciences中国公司—联川生物现已全面提供12.0版（最新）microRNA微阵列检测服务。

关于miRBase

miRBase序列数据库⁵是一个包括miRNA序列数据、注释、预测基因靶标的全方位数据库，并且是存储这些数据最主要的公共数据库。miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列搜索已知的miRNA和靶标信息，而这些服务都可在http://microrna.sanger.ac.uk/免费获取。

 

 

关于LC Sciences

LC Sciences是一家专业提供基因组及蛋白质组产品与服务的生物技术公司，提供全方位的DNA，RNA及多肽微阵列服务，可用于核酸/蛋白表达谱与功能分析，生物标记发现和新药筛选，研发应用于诊断和生物传感的微型实验设备。基于µParaflo^®微流体技术，LC Sciences可提供具有高度灵活性和定制化的创新产品来满足客户快速变化的要求。LC Sciences中国公司—联川生物随时为您提供关于microRNA微阵列检测服务的帮助与建议。

 

了解更多信息，欢迎您登陆www.lc-bio.com / www.lcsciences.com

或拨打免费热线800-857-1452。

 

参考文献

 

1.      He PA, Nie Z, Chen J, Chen J, Lv Z, Sheng Q, Zhou S, Gao X, Kong L, Wu X, Jin Y, Zhang Y. (2008) Identification and characteristics of microRNAs from Bombyx mori. BMC Genomics 9(1), 248. [abstract]

2.      Zhang J, Zeng R, Chen J, Liu X, Liao Q. (2008) Identification of conserved microRNAs and their targets from Solanum lycopersicum Mill. Gene [Epub ahead of print]. [abstract]

3.      Vagin VV, Sigova A, Li C, Seitz H, Gvozdev V, Zamore PD. (2006) A distinct small RNA pathway silences selfish genetic elements in the germline. Science 313(5785), 320-324. [abstract]

4.      Cummins JM, He Y, Leary RJ, Pagliarini R, Diaz L.A Jr, Sjoblom T, Barad O, Bentwich Z, Szafranska AE, Labourier E, et al. (2006) The colorectal microRNAome. Proc Natl Acad Sci USA 103, 3687-92. [abstract]

5.     Griffiths-Jones S, Grocock R, van Dongen S, Bateman A, Enright A. miRBase: microRNA sequences, targets and gene nomenclature. Nucleic Acids Res 34(Database issue), D140–D144. [abstract]