可可基因组计划的最新进展

　　

据美国农业部农业科研局（USDA-ARS）的研究人员透露，一批研究人员正使用Roche 454和Illumina公司的测序仪，或许还用Sanger测序等其他方法，来解码可可基因组。

Brian Scheffler是一位计算机方面的分子生物学家，也是USDA-ARS中南部地区基因组学实验室的主管。他在近期的会议上详细描述了这个400M基因组的测序计划。Scheffler诙谐地表示：“人人都认为美国依赖石油，实际上美国真正依赖的是咖啡和巧克力。”

去年六月，USDA-ARS联合IBM和糖果制造商玛氏，宣布为期五年的可可基因组测序计划。详细内容请看：玛氏联合IBM等开展可可基因组测序。Scheffler介绍了测序计划的进展情况。

至于为什么要同时采用454及Illumina的测序仪，Scheffler强调那是为了平衡质量、速度和费用。他表示研究小组正利用几种互补的方法来进行可可全基因组的鸟枪法测序，包括长读长和短读长的高通量测序。

研究人员计划利用Roche 454测序产生的随机剪切和配对末端的长读长，以及Illumina技术产生的配对末端的短读长。研究小组还可能利用Sanger测序、BAC末端测序以及fosmid测序来填平剩余的缺口。

IBM的生物信息学小组将对计划产生的数据质量进行把关，而美国能源部联合基因组研究所将用他们自己的方法来对基因组进行拼接和注释。

Scheffler表示可可研究小组将与可可种植者和终端用户协作，所获得的数据将对其他研究小组开放。

（生物通 余亮）