10月冷泉港实验手册关注模式生物[创新技巧]

【字体: 时间:2009年10月14日 来源:生物通

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  最新一期的冷泉港实验手册(Cold Spring Harbor Protocols)已发布。本期的免费实验手册关注了两种模式生物,一是斑马鱼,谈到了RNA提取的优化、质量控制考虑和数据分析;二是线虫,通过RNA免疫共沉淀和RT-PCR分析RNA-蛋白复合物。

最新一期的冷泉港实验手册(Cold Spring Harbor Protocols)已发布。本期的免费实验手册关注了两种模式生物,一是斑马鱼,谈到了RNA提取的优化、质量控制考虑和数据分析;二是线虫,通过RNA免疫共沉淀和RT-PCR分析RNA-蛋白复合物。

第一篇:

Quantitative Real-Time RT-PCR (qRT-PCR) of Zebrafish Transcripts: Optimization of RNA Extraction, Quality Control Considerations, and Data Analysis

作为模式生物,斑马鱼挺受欢迎。斑马鱼胚胎的快速发育为发育必需基因的研究提供了机会。了解基因在何时何地表达,以便于了解它们的功能,并实现基因敲除的控制。在基因表达研究中,实时定量PCR是最常用的方法。本实验手册就展示了从斑马鱼胚胎中抽提RNA的优化方法,质量评估,并强调了多个参考基因的使用。作者推荐将TRIzol抽提和柱纯化结合起来,这样产生的RNA质量要高于其中任一种方法。

这份实验手册是由新西兰奥克兰大学的研究人员提供的。作者改编了TRIzol(Invitrogen)和RNeasy Micro Kit(QIAGEN)的操作步骤,并增加了一些额外步骤来改善RNA的产量和质量。另外,作者还推荐了一些qRT-PCR的分析软件。

第二篇:

Analysis of RNA-Protein Complexes by RNA Coimmunoprecipitation and RT-PCR Analysis from Caenorhabditis elegans

RNA免疫共沉淀是蛋白免疫共沉淀的延伸,它研究的是体内RNA-蛋白质复合物。此份实验手册来自德国马普研究院,它描述了如何在线虫中进行RNA co-IP。一般而言,用蛋白特异的抗体来纯化线虫中的目的蛋白及其相关的复合物成分。这其中可能包括了与其它蛋白组分相关联的RNA分子。为了鉴定特异的mRNA分子,先将所有的RNA分子与蛋白组分分离。随后将mRNA反转录成cDNA,再通过PCR扩增候选mRNA。众所周知RNA分子极易降解,在实验中避免RNase的污染相关关键。(生物通 余亮)

 

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