新加坡基因组研究院联合罗氏NimbleGen:追踪甲型H1N1流感病毒的进化途径[创新技巧]

【字体: 时间:2009年06月08日 来源:罗氏应用科学部

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  近期流感病毒的爆发将甲型流感新毒株(nH1N1)迅速传播到世界各地。为了鉴定这种新毒株是否会突变与重组,新加坡基因组研究院的一个研究小组已经开发出新型的“通用”聚合酶链式反应方法,可扩增任何甲型流感病毒的全基因组,然后用NimbleGen基于芯片的杂交测序,在大约24小时内迅速通览整个基因组。(罗氏供稿,生物通翻译)

近期流感病毒的爆发将甲型流感新毒株(nH1N1)迅速传播到世界各地。许多专家都在关注这种新毒株的进化途径,以及它是否会突变或与其它流感毒株重组产生更致命的毒株,如同全球曾经历的1918毒株。为了鉴定这些突变与重组,新加坡基因组研究院的一个研究小组已经开发出新型的“通用”聚合酶链式反应方法,可扩增任何甲型流感病毒的全基因组,然后用NimbleGen基于芯片的杂交测序,在大约24小时内迅速通览整个基因组(芯片读取设备每天能读取多达36张)。

这种新方法能利用传统PCR诊断所遗留下来的相同RNA材料,在第一轮即可识别任何流感新毒株。这将有助于更快速诊断方法的开发,来应对任何可能的新变异体;它还能快速鉴定毒株的DNA是否突变,而变得更加危险,比如产生更强的抗药性。

通过与罗氏NimbleGen的科学家紧密合作,并利用NimbleGen平台所赋予的灵活性,在项目开始仅4天后,第一批芯片已经设计、制造完毕并运抵新加坡。定制开发的高密度芯片具有能从病人样本(鼻拭子/鼻咽洗液)中揭示流感病毒完整序列的探针。它将实现基因组区域内任何单碱基突变的检测,这对药物易感性很重要。一旦病毒发生重组,它还能鉴定出是与哪种甲型流感毒株进行重组以及重组的基因组位点,从而更好地了解和追踪病毒的进化途径及变异体。

新加坡基因组研究院负责生物标志物开发的首席科学家Christopher Wong博士表示:“这种新方法利用了我们为检测多种病原菌而开发的新型PCR技术。这将大大简化新病毒测序的过程。”

罗氏NimbleGen的首席执行官Gerd Maass认为:“随着新系统的开发,整个项目小组希望更好更快速地追踪这个新流感变异体,让世界了解病毒是如何进化的。”新加坡基因组研究院的执行董事Edison Liu教授补充道:“这个追踪过程的重要性应被更好地利用,因为它提供了重要的信息,有助于预防和抗争流行病。”

其实利用NimbleGen芯片成功检测突发病毒可以追溯到2003年SARS爆发期间, NimbleGen芯片采用了相似的方法成功的检测了感染源,并全球监控SARS病毒。

关于罗氏
罗氏始创于1896年,总部位于瑞士巴塞尔,在制药和诊断领域是世界领先的以研发为基础的健康事业公司之一。作为世界上最大的生物科技公司,罗氏提供从早期发现、预防、诊断到治疗的创新产品与服务,在诸多领域都做出了突出的贡献,从而提高了人类的健康水准和生活质量。罗氏是体外诊断领域、抗肿瘤药品和移植药品的全球领先者,是病毒学领域的市场领导者。在其它关键疾病领域如自身免疫性疾病、炎症、代谢和中枢神经系统疾病等同样表现活跃。2008年,药品部的销售额达360亿瑞士法郎,诊断部的销售额达97亿瑞士法郎。2008年,罗氏在研发方面的投入超过了90亿瑞士法郎,并与多个合作伙伴建立了研究与开发的业务联盟,包括罗氏控股的基因泰克和中外制药。罗氏集团共拥有约8万名员工。如需了解更详细的信息,请访问
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关于罗氏NimbleGen
罗氏NimbleGen公司拥有DNA芯片、消耗品、仪器和服务等一系列专利,是领先的创新者、制造商和供应商。罗氏NimbleGen公司生产长寡聚探针的高密度芯片,为研究基因组和表观基因组变异的全部多态性,提供了更完善的信息内容和更高的数据质量。罗氏NimbleGen公司的专利技术Maskless Array Synthesis(MAS)用数字灯光加工和快速高效的光化学,以极大的灵活性来合成长寡核苷酸、高密度DNA芯片,使得性能的提高成为现实。欲了解更多关于罗氏NimbleGen公司的信息,请访问该公司网站
www.nimblegen.com

关于新加坡基因组研究院www.gis.a-star.edu.sg
新加坡基因组研究院(GIS)是新加坡科技研究局(A*STAR)的成员。它是有着全球视野的国家计划,试图利用基因组科学来改善公众健康和国家繁荣。新加坡基因组研究院作为基因组探索中心,成立于2001年,它将朝着个性化药物的目标,整合技术、遗传学和生物学。新加坡基因组研究院的核心研究领域包括系统生物学、干细胞和发育生物学、癌症生物学及药理学、人类遗传学、传染病、基因组技术以及计算和数学生物学。其基因组学基础设施用于培训新的科技人才,为科研和工业研究搭建桥梁,并探索影响力大的科学问题。

关于新加坡科技研究局(A*STAR)www.a-star.edu.sg
A*STAR是新加坡的领导机构,为生机勃勃的新加坡培养了世界级的科学研究和人才。A*STAR积极培育了生物医药科学、物理学和工程学的公共部门研究与开发,尤其关注对新加坡制造业和新兴工业很重要的领域。它监管着22个研究所、联盟和中心,并支持与大学、医院研究中心和其他本地及国际伙伴的对外研究。这种知识密集型工作的核心是人力资源。顶尖的本地和国际科技人才在A*STAR研究所中发挥着知识创造力。该局还为一流大学的本科生、研究生及博士后培训提供奖学金,这也反映出A*STAR将培育新一代科技人才摆在最优先的位置。

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