十月冷泉港实验方案关注表观遗传学[创新技巧]

金秋十月，冷泉港实验方案（Cold Spring Harbor Protocols）发布。每一期的CSH Protocols都有两篇Protocols，供大家免费查看。在本期中，这两篇都与表观遗传学相关，一篇是关于非编码RNA的甲基化分析；另一篇是组蛋白去甲基化酶分析。

金秋十月，冷泉港实验方案（Cold Spring Harbor Protocols）发布。这一期的封面是一个果蝇胚胎（16期）的荧光标记腹神经索（下图）。它涉及的技术是如何利用免疫组化和免疫荧光观察果蝇中枢神经系统中的轴突。不过，可惜这篇文章不是免费的，需要订阅后查看。

好在，每一期的CSH Protocols都有两篇Protocols，供大家免费查看。在本期中，这两篇都与表观遗传学相关，一篇是关于非编码RNA的甲基化分析；另一篇是组蛋白去甲基化酶分析。点击标题可查看完整的实验方案。

Detection of Cytosine Methylation in RNA Using Bisulfite Sequencing

尽管转录后修饰是非编码RNA的一个典型特征，但这些修饰的生物学功能仍然未知。研究人员曾在高丰度RNA分子中检测到胞嘧啶的甲基化，如rRNA和tRNA，但由于技术限制，其他非编码RNA中的胞嘧啶甲基化状态仍然是个谜。为了进一步研究这些修饰，德国癌症研究中心的Matthias Schaefer及其同事开发出一种方法，利用亚硫酸氢盐测序来检测胞嘧啶的甲基化。

这种方法先用亚硫酸氢盐处理RNA，使未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变。之后是cDNA合成和PCR扩增，接下来的DNA测序让研究人员能定量区分tRNA和rRNA中未甲基化和甲基化的胞嘧啶。利用高通量测序的方法，此方案能够鉴定任何RNA分子中的5mC甲基化，包括那些低丰度RNA。

In Vitro Histone Demethylase Assay

组蛋白的翻译后修饰在调控染色质动力学和功能上扮演了重要角色。甲基化这样一个修饰参与了细胞表观遗传编程的调节，确定染色质结构和调节转录。组蛋白的甲基化发生在赖氨酸和精氨酸残基上，并且直到最近，才认为是一个不可逆转的过程。组蛋白去甲基化酶的发现表明这个过程是更动态的。

日本九州大学的Keiichi Nakayama等研究了去甲基化酶的活性，奉上了这一篇Protocol。它描述了两种不同的体外组蛋白去甲基化酶的反应，以及三种不同的方法来测定酶的活性。这三种方法分别为：测定放射性标记的甲醛从3H标记的甲基化组蛋白底物上释放；通过与位点特异的甲基组蛋白抗体的免疫印迹监测组蛋白底物的甲基化水平变化；利用质谱检测对应甲基化基团的组蛋白肽段质量的减少。这些方法能应用于测定组织和细胞裂解液中的组蛋白去甲基化酶活性，鉴定新颖的去甲基化酶，并筛选抑制剂。（生物通 余亮）