生物通报道：科学家们为了能深入了解特异性基因表达，发展了许多实验技术，比如芯片技术，PCR，高通量测序等，但是要想得到精确的结果，仍然依赖于实验操作人员对于技术掌握的熟练程度。而且随着基因表达研究越来越多，为了确保公布的结果的精确性，对于相关分析也越来越严格。不过所幸目前也有了更多基因表达分析相关的产品，这些产品带来的新技术也许能帮助我们解决难题。

数字基因表达

“过去所有用于分析基因表达的方法都是相对间接的方法——通过转录标记，和芯片杂交检测表达水平”，来自Illumina国内公司的资深科学家Gary Schroth说，“目前发展趋势很清楚，世界正朝着测序，或者说是数字基因分析发展”，RNA测序也更多的计数分析，直接分析生物样品中的分子特征。

2007年1月，Schroth研究组研发了一种称为RNA-seq的实验方法，这种方法能完成cDNA全长的测序。在短短几年间，这种技术已经应用于多篇发表文章中，正如Schroth自己所说的，“现在，有超过300份同行评审发表文章采用了RNA-seq方法”，他也提及了增长的高通量——从2007年的每次完成4000-6000万发展到了今天Illumina HiSeq 2000系统的3亿。读长也翻了三倍，而且如今研究采用的也大多是双末端测序方法。

同时一些上市的试剂盒也促进了RNA测序的发展，比如Illumina2010年底推出的TruSeq RNA Sample Prep Kits（免费获取技术资料>> >> ），这一试剂盒能从总RNA生成文库，并与Illumina测序产量兼容。与之前的方法相比，预混液试剂排除了大部分移液步骤，并减少了纯化次数，让手工操作时间降至最低。全新的自动化的流程形式能够平行处理最多96个样品。Schroth提出这些试剂盒能在一周内完成上十个，甚至上百个样品分析，通过目前新一代测序平台上的样品制备流程，这实现了经济、高通量的RNA测序研究。

除此之外，来自美国的NanoString技术公司也带来了不可小窥的新技术，这家公司早在2008年，就已经登上了《Nature Technology》杂志封面，他们的数字基因表达谱技术核心之一就是nCounter分析系统。

这一系统运用了一种全新的分子条形码技术，对基因表达进行直接的多重测定，且具有极高的灵敏度和精确度。该技术应用分子条形码和单分子成像来检测并计数单个反应中的几百个转录本。该系统包含了一个全自动的样品制备工作站（sample prep station）、一个数字分析仪（digital analyzer）、CodeSet（分子条形码）及其它试剂。

nCounter分析系统无需使用酶，也不需要进行PCR扩增，从而减少误差的产生，因而在表达谱分析领域非常有优势。它能够高度灵敏地检测并定量多种样品类型的基因表达，包括纯化的总RNA、细胞和组织裂解液、提取自FFPE样品的RNA以及血液。

延伸阅读：

 Science：基因表达分析新技术（一）[创新技巧] 

基因表达分析新技术（二）[创新技巧] 

基因表达分析新技术（四）[创新技巧]

原文摘要：

LIFE SCIENCE TECHNOLOGIES: Gene-Expression Analysis Exploits More Technologies

To quantify the expression of specific genes, researchers can use a variety of techniques, including arrays, PCR, and high throughput sequencing. However, getting accurate results still depends on precisely carrying out these methods, even with increasingly user-friendly technologies. In fact, as more scientists study gene expression, the standards for analysis are growing more rigorous to ensure that only accurate data are published. Likewise, software has been keeping pace, helping researchers follow protocols and analyze their results.