Sigma将在SOLiD上测序6个大鼠品系[创新技巧]

【字体: 时间:2011年02月12日 来源:生物通

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  为了创建出更好的动物模型,Sigma公司与Cofactor Genomics本周宣布,他们将合作对研究中常用的6个大鼠品系的基因组进行测序。此项计划欲以低覆盖度(大约4-5倍)对大鼠测序,并将那些基因组中发现的变异与Brown Norway大鼠参考基因组进行比较。

为了创建出更好的动物模型,Sigma公司与Cofactor Genomics本周宣布,他们将合作对研究中常用的6个大鼠品系的基因组进行测序。

Cofactor Genomics将负责利用Life Technologies的SOLiD系统进行测序和分析,而Sigma的Sage实验室将资助这项研究,提供样品,并创建一个免费的公共数据库来存放这些序列数据。此项计划欲以低覆盖度(大约4-5倍)对大鼠测序,并将那些基因组中发现的变异与Brown Norway大鼠参考基因组进行比较。

Cofactor Genomics拥有市场上三大主要供应商的测序仪,包括SOLiD、Illumina的Genome Analyzer和罗氏454的GS FLX,但其首席运营官Jon Armstrong表示,他们将在SOLiD系统在开展此计划,原因是能够借助SOLiD系统的低错误率在此覆盖度下检测可能的SNP。索取SOLiD系统的最新资料

他们将创建两种类型的测序文库,短插入片段文库和长插入片段mate pair文库。对于短片段文库,平均的插入片段大小为200 bp。对于mate pair文库,读长将为50 bp,平均的插入片段大小为3000 bp。

Armstrong认为,两种文库的组合将避免仅有一种文库所固有的任何偏向性。尽管短插入片段实现了更高的分辨率,但长插入片段文库提供了更佳的物理覆盖,以便让他们寻找更长的插入/缺失,以及倒位和转位。

这次计划的目标是将发现的变异编撰成册,以便协助研究人员创建出更好的动物模型,用于人类疾病研究。它还将协助Sigma的Sage实验室创建出更好的敲除大鼠。

2009年,Sigma公司等的研究人员利用锌指核酸酶(ZFN)技术成功培育首个靶基因敲除大鼠。ZFN技术是一种可诱导生物体内的DNA在特定位置产生双链断裂的重组蛋白。这种双链断裂刺激细胞的天然DNA修复路径,并导致DNA序列中特定位置的变化。

目前,研究人员正在对除Brown Norway大鼠外的其他品系进行研究,但是对于它们的序列还知之甚少。若想要开展基因敲除,就不得不使用Brown Norway的序列。Sage实验室主管Edward Weinstein认为,这些品系的测序将让基因敲除的全过程更加简单,因为它提供了更为准确的序列数据。(生物通 余亮)

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