iPad在手,轻松查看蛋白结构[创新技巧]

【字体: 时间:2011年04月21日 来源:生物通

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  记得在有一集《生活大爆炸》中,那些智商超高的科学怪才们又在捣鼓开发一款iPhone程序,想通过直接拍照来解微积分。不记得这款程序最终开发出来没有,但iPhone和iPad这些潮物在科学家中的普及肯定是毋庸置疑了。因此,也就涌现出一大批应用程序来帮助大家搞研究。下面生物通就介绍两款蛋白方面的应用程序。

记得在有一集《生活大爆炸》中,那些智商超高的科学怪才们又在捣鼓开发一款iPhone程序,想通过直接拍照来解微积分。不记得这款程序最终开发出来没有,但iPhone和iPad这些潮物在科学家中的普及肯定是毋庸置疑了。因此,也就涌现出一大批应用程序来帮助大家搞研究。下面生物通就介绍两款蛋白方面的应用程序。

随着科学家逐渐解析出更多蛋白的结构,并将这些结构添加到数据库中,目前的蛋白结构数正在快速增长。过去,如果想要查看某个蛋白的结构,研究人员首先需要下载这个蛋白的结构数据组,然后将文件导入特殊的软件程序中。这个过程可不简单呢。

幸好,一些蛋白方面的应用程序被开发出来,让人们可以更轻松、更方便地随时随地查看蛋白质的结构。

iProtein

尽管乍一看,iProtein的主页平淡无奇,但是这只是假象,那些搞蛋白的肯定会被其内容所吸引。在其主页上有5块可点击的内容:序列、结构、家族、位点和结合配体。在序列和结构选项中,您可以输入一个关键词或PDB代码,页面上将会列出与之匹配的所有蛋白,以氨基酸或结构形式。在序列模式下,点击可下载的序列将启动序列搜索,来寻找相似的序列。在结构模式下,将会出现蛋白名称、分类、来源、参考文献和结构等。在家族选项中,您将了解到不同蛋白家族的成员。

结合配体这个选项可能会对药物学家有用。您可以在上面构建自己的分子,并提交,用于分析潜在的蛋白相互作用。如果您的配体能与蛋白结合,那么程序将会列出这一系列蛋白,以及PDB信息和配体结合的位点。如需查看配体以及蛋白的结构,iProtein将会链接到另一个iPad应用程序Molecules,我们下面将会介绍。

iProtein这款程序是由Eidogen-Sertanty, Inc.为iPad开发的,需要4.99美元,当然,有5天的免费试用,喜欢再买呗。

Molecules

这款程序是由Sunset Lake Software开发的,主要是用来查看蛋白质的三维结构。结构可向不同方向旋转,并随心所欲移动,通过手指滑动,还可轻松放大。速度快得惊人,某一特定氨基酸的放大和缩小似乎只是一瞬间。它还有一个功能,就是鉴定特定结构中关键的氨基酸残基,或只关注蛋白的某一部分。顺便提一句,它是免费的。

生物通之前也介绍了一些研究必备的iPhone和iPad程序。

两款免费的iPad成像应用程序

生物学家必备的iPhone应用程序

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