Arraystar公司lncRNA芯片最新发表文章[创新技巧]

【字体：大中小】 时间：2011年06月17日 来源：康成生物

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　　研究者采用Arraystar lncRNA 芯片，比较HCC细胞株和良性人肝细胞的lncRNA表达水平，找到了在HCC细胞中表达显著下调的lncRNA MEG3 (the maternally expressed gene-3），并进行了实时定量PCR的验证。

C Braconi, et al., MicroRNA-29 can regulate expression of the long non-coding RNA gene MEG3 in hepatocellular cancer. Oncogene (2011) 1–7.

研究者采用Arraystar lncRNA 芯片，比较HCC细胞株和良性人肝细胞的lncRNA表达水平，找到了在HCC细胞中表达显著下调的lncRNA MEG3 (the maternally expressed gene-3），并进行了实时定量PCR的验证。对肝癌组织和癌旁肝硬化组织的实时定量PCR实验，以及对非肿瘤肝组织和HCC组织的ISH实验，同样发现MEG3在肝癌中的特异性表达下调。体外细胞实验初步研究了MEG3的肿瘤抑制功能，包括对细胞生长和细胞凋亡的调控等。而对MEG3自身所受到的表达调控机制的研究，则提示MEG3的表达下调可能是因为MEG3启动子发生了超甲基化，即lncRNA的表达同样可能受到表观遗传调控；而MEG3启动子的超甲基化可能是microRNA-29a 调控通路作用的结果，从而将两类重要的非编码RNA，microRNA和lncRNA联系了起来。

*Decreased long ncRNAs*
SEQ_ID	NAME	Fold change, LOG2 (malignant vs benign)	Chr	Strand	txEnd	txStart
ASLNC04263	uc010frw	-8.3	chr2	+	189567303	189564639
ASLNC13974	MEG3	-7.7	chr14	+	100372390	100365390
ASLNC07907	uc004ckd	-7.7	chr9	+	138996015	138989366
ASLNC12607	uc010gqe	-7.6	chr21	+	46377189	46374170
ASLNC21766	AL117622	-7.2	chr2	+	102328612	102327504
ASLNC02761	HIV1888	-7.0	chrX	+	99815571	99814982
ASLNC09266	uc001moa	-7.0	chr11	+	18247456	18244347
ASLNC07372	uc010lfi	-6.9	chr7	+	93891691	93884971
ASLNC17071	AK024680	-6.9	chr2	+	206352680	206350784
ASLNC12665	uc002zic	-6.9	chr21	+	46377191	46370831

*Increased long ncRNAs*
SEQ_ID	NAME	Fold change, LOG2 (malignant vs benign)	Chr	Strand	txEnd	txStart
ASLNC13368	AF113014	7.5	chr10	-	64958801	64957639
ASLNC18894	AK095208	6.9	chrY	-	19612412	19611913
ASLNC05674	uc010iij	6.7	chr4	+	74505834	74493174
ASLNC13476	AF119895	6.6	chr19	+	54160956	54160470
ASLNC13498	AF130057	6.6	chr12	-	69004321	69001727
ASLNC13387	AF116616	6.4	chr10	-	102110969	102097816
ASLNC08186	uc010mvc	6.2	chr9	-	115880573	115863524
ASLNC14236	CR627122	5.5	chrX	-	131338900	131333712
ASLNC09342	uc001twi	5.4	chr12	-	116021634	115961110
ASLNC24233	BX648622	5.2	chr12	-	9133849	9111576