捕获低丰度蛋白的新技术(二)[创新技巧]

【字体: 时间:2011年06月03日 来源:生物通

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  低丰度蛋白,尽管稀少,却常常带有重要信息。在疾病治疗方面,它们往往充当了诊断、预后和治疗效果的标记物,也可能是治疗的靶点。然而,犹如大海捞针一般,它们却并不好找。近年来,研究人员正不断提出新的方法和技术,从生物样品中挑出低丰度蛋白,以便确切地了解它们是什么,以及它们意味着什么。

在加拿大的多伦多大学,Andrei Drabovich和Eleftherios Diamandis采用另一种不同的方法来对付低丰度蛋白。他们利用组合肽段文库(CPL)来开发分析,这项成果发表在2010年3月的《Journal of Proteome Research》上。

肽段文库帮助标准化样品中存在的蛋白丰度,从而富集低丰度蛋白,而排除高丰度蛋白。之后,样品可通过质谱分析。这听上去有些复杂,不过记住一点,文库中有一种配体能与特异蛋白结合。Drabovich解释:“我们假设有两种特异蛋白:一种非常高丰度的蛋白和一种非常低丰度的蛋白。当我们将这种组合文库加入样品时,这些配体与蛋白结合,特异配体的拷贝数相同。然而,高丰度蛋白将过饱和配体,因此大部分都不会结合,而低丰度蛋白将几乎全部与配体结合,因为配体数量是相同的。”之后,经过最后一步的洗脱,研究人员将得到相同数量的高丰度和低丰度蛋白。

利用这种方法,Drabovich寻找了血清、癌细胞裂解液、以及卵巢癌和前列腺癌患者血液中的低丰度蛋白,试图找到其他方法无法发现的蛋白标志物。

Drabovich谈到:“这种技术可回答多个问题,找到诊断、预后和监控药物反应的生物标志物。这是整个探索过程的第一步。”尽管组合肽段文库的理念不能分离某一种特定蛋白,但是能够富集它们,之后再用质谱或其他方法进行分析。

利用这种方法,他们在卵巢癌腹水中鉴定出总共484个独特蛋白,其中216个为低丰度蛋白。其中74个蛋白之前未曾描述过。CPL的处理使得鉴定出的低丰度蛋白要多得多,并为多反应监测(MEM)分析的开发提供了重要的信息。利用多反应监测,他们确定了一组卵巢癌腹水中五种蛋白的相对量。

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