捕获低丰度蛋白的新技术(三)[创新技巧]

【字体: 时间:2011年06月07日 来源:生物通

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  Stone希望从磷酸化蛋白入手,癌症通常有着激酶级联活性,因此一些磷酸化蛋白可能被认为是疾病的生物标志物。唾液的问题与其他体液一样,蛋白丰度差异很大。唾液里有很多蛋白,除了大约20种很容易检测的高丰度蛋白,研究人员更感兴趣的低丰度蛋白却很难检测。

明尼苏达大学的Matthew Stone希望从唾液样本中找到低丰度蛋白作为生物标志物,用于口腔癌的早期检测。

Stone希望从磷酸化蛋白入手,癌症通常有着激酶级联活性,因此一些磷酸化蛋白可能被认为是疾病的生物标志物。唾液的问题与其他体液一样,蛋白丰度差异很大。唾液里有很多蛋白,除了大约20种很容易检测的高丰度蛋白,研究人员更感兴趣的低丰度蛋白却很难检测。

他当时的同事Sricharan Bandhakavi建议他们使用Bio-Rad公司的Proteominer技术,来绕开动态范围的问题。于是,Matthew Stone与中山大学光华口腔医院的陈小冰等人合作,开始利用Proteominer寻找他们想要的蛋白。他们的研究结果发表在今年4月的《Journal of Proteome Research》上。

他们总共鉴定出217个独特的磷酸化肽段位点,代表了85个不同的磷酸化蛋白。他们已经利用Proteominer鉴定出唾液中的2340个蛋白,差不多将过去已知的唾液蛋白数翻了一倍。此外,研究小组还将唾液中的蛋白与血浆中的蛋白进行了比较,并发现,在一些疾病中,唾液样品中的蛋白标志物比血浆要更容易找到。

Bandhakavi谈到:“在发现一种生物状态与另一种状态有何不同时,Proteominer将非常有用。利用不同的样本,比较生物学状态,疾病状态,如癌症和健康的差异。”

ProteoMiner系统采用了组合的六肽文库方法来富集低丰度蛋白,而不是传统的免疫去除方法,这就最大限度地减少了对已知抗体的依赖,并防止某些与高丰度蛋白相结合的低丰度蛋白质的去除。

每个ProteoMiner珠子上都有不同的六肽配基,它们与某种蛋白具有特定的亲和性。当一个复杂的蛋白质样品与大量六肽配基共同孵育时,样品中的蛋白质会相应地找到其结合位点而被珠子捕获。由于珠子的结合能力有限,高丰度蛋白迅速饱和了相应配基,而多余的蛋白就被洗掉。与此相反,低丰度蛋白通过与特定配基的结合而富集。通过这种方式,低丰度蛋白质相对得到了富集与浓缩。点击索取ProteoMiner系统的更多资料

随着越来越多新技术和新产品的出现,相信研究人员能够从稀少的低丰度蛋白中提炼出更多有助于疾病诊断和治疗的信息。(生物通 薄荷)

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